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万見
- PDB-6gfb: Structure of the BTB/POZ domain of human 90K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gfb
タイトルStructure of the BTB/POZ domain of human 90K
要素Galectin-3-binding protein
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / BTB/POZ domain / 90K / HIV restriction factor
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet dense granule lumen / scavenger receptor activity / cellular defense response / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / cell adhesion / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome ...platelet dense granule lumen / scavenger receptor activity / cellular defense response / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / cell adhesion / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch ...: / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / BTB domain profile. / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Galectin-3-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Ssebyatika, G. / Krey, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationCRC900 flexfunds ドイツ
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: The Antiviral Activity of the Cellular Glycoprotein LGALS3BP/90K Is Species Specific.
著者: Lodermeyer, V. / Ssebyatika, G. / Passos, V. / Ponnurangam, A. / Malassa, A. / Ewald, E. / Sturzel, C.M. / Kirchhoff, F. / Rotger, M. / Falk, C.S. / Telenti, A. / Krey, T. / Goffinet, C.
履歴
登録2018年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3-binding protein
B: Galectin-3-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3685
ポリマ－36,1722
非ポリマー1963
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area12170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.340, 70.340, 105.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Galectin-3-binding protein / Basement membrane autoantigen p105 / Lectin galactoside-binding soluble 3-binding protein / Mac-2- ...Basement membrane autoantigen p105 / Lectin galactoside-binding soluble 3-binding protein / Mac-2-binding protein / Mac-2 BP / Tumor-associated antigen 90K


分子量: 18086.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3BP, M2BP / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q08380
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 9% PEG 8000 0.2M zinc acetate 0.1M imidazole pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 18533 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 50.62 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 14.46
反射 シェル解像度: 2.08→2.21 Å / 冗長度: 17.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / CC1/2: 0.79 / Rrim(I) all: 1.591 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.08→20.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9347 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9062 / SU R Cruickshank DPI: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.161 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.162
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2433 934 5.05 %RANDOM
Rwork0.2082 ---
obs0.2099 18506 99.18 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.6349 Å20 Å20 Å2
2---7.6349 Å20 Å2
3---15.2698 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.307 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.08→20.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1861 0 3 41 1905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011895HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.042565HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d659SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes44HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes280HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1895HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.23
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion248SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2053SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.21 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2164 148 5.27 %
Rwork0.2318 2663 -
all0.231 2811 -
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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