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- PDB-6ged: Adhesin domain of PrgB from Enterococcus faecalis bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ged
タイトルAdhesin domain of PrgB from Enterococcus faecalis bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
  • PrgB
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / Adhesin / Biofilm formation
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Adhesin isopeptide-forming adherence domain / Cell surface antigen, C-terminal / Antigen I/II, N-terminal / Cell surface antigen C-terminus / Cell surface antigen I/II C2 terminal domain / Adhesin P1 N-terminal domain / KxYKxGKxW signal peptide ...Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Adhesin isopeptide-forming adherence domain / Cell surface antigen, C-terminal / Antigen I/II, N-terminal / Cell surface antigen C-terminus / Cell surface antigen I/II C2 terminal domain / Adhesin P1 N-terminal domain / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / PrgB
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.794 Å
データ登録者Schmitt, A. / Berntsson, R.P.A.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-03599 スウェーデン
KempestiftelsernaJCK-1524 スウェーデン
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: PrgB promotes aggregation, biofilm formation, and conjugation through DNA binding and compaction.
著者: Schmitt, A. / Jiang, K. / Camacho, M.I. / Jonna, V.R. / Hofer, A. / Westerlund, F. / Christie, P.J. / Berntsson, R.P.
履歴
登録2018年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PrgB
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3405
ポリマ－40,2553
非ポリマー852
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.017, 93.026, 99.097
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PrgB


分子量: 34161.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: prgB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04112

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*G)-3')


分子量: 3087.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3')


分子量: 3006.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 164分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.87 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12 M Ethylene Glycol, 0.1 M Bicine/Tris pH 8.5, 20% (v/v) Glycerol, 10% (w/v) Polythyleneglycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→43.732 Å / Num. obs: 28379 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.36 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 14.22
反射 シェル解像度: 1.79→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / CC1/2: 0.71 / Rrim(I) all: 1.67 / % possible all: 98.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EVT

6evt
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.794→43.732 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 1419 5 %
Rwork0.1743 --
obs0.1762 28358 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.18 Å2 / Biso mean: 33.9533 Å2 / Biso min: 15.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.794→43.732 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2244 410 5 162 2821
Biso mean--44.47 38.35 -
残基数----315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1523792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6451545
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7943-1.85840.35111370.3292594273198
1.8584-1.93290.26461380.25282633277199
1.9329-2.02080.26951410.205526702811100
2.0208-2.12740.25191410.192426732814100
2.1274-2.26060.20981410.172726862827100
2.2606-2.43520.21081410.159926812822100
2.4352-2.68020.18741440.15427312875100
2.6802-3.0680.16241420.147226992841100
3.068-3.86490.19431410.14672669281096
3.8649-43.7450.21451530.178329033056100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7738-0.1370.13742.37740.19321.27290.0336-0.0956-0.09030.1644-0.04590.0020.0601-0.0252-0.00290.2205-0.0103-0.03480.20980.00590.207640.503923.30627.1535
21.15680.14260.8480.3821-0.05911.38790.05330.07090.0393-0.0798-0.0689-0.0758-0.0155-0.003700.17650.0070.00560.20710.00870.187135.220923.635410.926
30.2435-0.1422-0.27180.48330.65640.9219-0.6228-0.18490.11180.27910.0130.24460.0063-0.1294-0.80790.6356-0.1058-0.13560.35420.20660.54839.59698.081347.327
40.10750.05140.00090.22950.17350.14450.3211-0.04920.04250.30960.13530.21780.4219-0.11620.05961.57460.08510.20351.0838-0.03080.840839.10738.419748.4979
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 260 through 435 )A260 - 435
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 436 through 554 )A436 - 554
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 10 )D1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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