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万見
- PDB-6gdj: Crystal structure of Mto2 twin-cysteine dimerisation domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gdj
タイトルCrystal structure of Mto2 twin-cysteine dimerisation domain
要素Mto2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Microtubule organisation Microtubule nucleation
機能・相同性
機能・相同性情報


interphase microtubule organizing center assembly / static microtubule bundle / equatorial microtubule organizing center / mitotic spindle pole body / interphase microtubule organizing center / microtubule bundle formation / nuclear migration / cell division site / cytoplasmic microtubule / mitotic cytokinesis ...interphase microtubule organizing center assembly / static microtubule bundle / equatorial microtubule organizing center / mitotic spindle pole body / interphase microtubule organizing center / microtubule bundle formation / nuclear migration / cell division site / cytoplasmic microtubule / mitotic cytokinesis / microtubule cytoskeleton / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gamma tubulin complex adapter mto2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Thakur, H.C. / Sawin, K.E. / Cook, A.G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust094517/z/10/z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mto2 twin-cysteine dimerisation domain
著者: Thakur, H.C. / Sawin, K.E. / Cook, A.G.
履歴
登録2018年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mto2
B: Mto2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9484
ポリマ－18,7632
非ポリマー1842
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, dilution ITC does not dissociate this dimer, gel filtration, SEC-MALS data indicate that this molecule is a homodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area7260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.704, 73.704, 54.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Mto2


分子量: 9381.744 Da / 分子数: 2 / 断片: twin-cysteine dimerisation domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SPBC902.06 / プラスミド: pGGWA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RILP / 参照: UniProt: Q9USP7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10-22% PEG 3350, 0.2M sodium acetate trihydrate or sodium thiocyanate pH6-7
PH範囲: 6-7

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0211
シンクロトロンDiamond I0420.979
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M-F1PIXEL2014年10月8日
DECTRIS PILATUS3 S 6M2PIXEL2015年2月7日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double CrystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.9791
反射解像度: 1.5→41.39 Å / Num. obs: 26976 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3891 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.226 / Rrim(I) all: 0.509 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSNovember 3, 2014データ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→41.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.313 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18317 1261 4.7 %RANDOM
Rwork0.15233 ---
obs0.1538 25696 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.947 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å2-0.24 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---1.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→41.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1027 0 12 56 1095
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8042.0071451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08932410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1495140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0092430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.58215172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.306156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3762.148563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2922.142562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7833.209702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7953.214703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7082.477497
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6942.476497
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3273.608750
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.76728.4021208
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.76628.4421209
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.97832100
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.413541
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.99852100
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 82 -
Rwork0.202 1886 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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