PDB-6g87: Flavonoid-responsive Regulator FrrA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g87

タイトル

Flavonoid-responsive Regulator FrrA

要素

TetR/AcrR family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Flavonoids / repressor / TetR-family

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Werner, N. / Hoppen, J. / Palm, G. / Werten, S. / Goettfert, M. / Hinrichs, W.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: The induction mechanism of the flavonoid-responsive regulator FrrA.
著者: Werner, N. / Werten, S. / Hoppen, J. / Palm, G.J. / Gottfert, M. / Hinrichs, W.

履歴

登録	2018年4月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月18日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_refine_tls_group Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g87.cif.gz	318.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g87.ent.gz	269.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6g87_validation.pdf.gz	340.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g87_full_validation.pdf.gz	349.2 KB	表示
XML形式データ	6g87_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	6g87_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g8gC 6g8hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g8g-2 6g8h-2 3qpl-1 6g8h-1 3c2b-d 5d1w-2 6hod-1 3lhq-d 3dpj-1 5eyr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TetR/AcrR family transcriptional regulator

B: TetR/AcrR family transcriptional regulator

C: TetR/AcrR family transcriptional regulator

D: TetR/AcrR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

96.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TetR/AcrR family transcriptional regulator

B: TetR/AcrR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: TetR/AcrR family transcriptional regulator

D: TetR/AcrR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.592, 119.592, 78.476
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	20 - 214
2	1	B	20 - 214
1	2	A	20 - 213
2	2	C	20 - 213
1	3	A	20 - 213
2	3	D	20 - 213
1	4	B	20 - 213
2	4	C	20 - 213
1	5	B	20 - 213
2	5	D	20 - 213
1	6	C	19 - 214
2	6	D	19 - 214

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	TetR/AcrR family transcriptional regulator 分子量: 23991.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The sequence represents the crystallized polypeptide 由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌) 遺伝子: CO678_15510 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2A6N3G4
#2: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 6mg/ml FrrA in 20 mM Na2HPO4, 100 mM imidazole, pH 7.5, 50 mM NaCl. Precipitant 20 % PEG 8000; 0.1 M CHES, pH 9.5. PH範囲: 7.5 - 9.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.979031 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979031 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.919→47.57 Å / Num. obs: 47028 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.02 % / B_iso Wilson estimate: 70.5 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 15.17
反射シェル	解像度: 2.919→3.1 Å / 冗長度: 7.17 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 7487 / R_rim(I) all: 0.931 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.92→47.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 34.077 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.324 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21112	1080	4.5 %	RANDOM
R_work	0.18252	-	-	-
obs	0.18383	23109	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.384 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.92→47.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6116	0	52	0	6168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	6284
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	6178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.994	8491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.358	3	14171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.56	5	778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.648	23.145	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.013	15	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.496	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	962
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7045
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.444	4.933	3124
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.444	4.931	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.29	7.398	3898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.289	7.4	3899
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.367	5.568	3160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.366	5.568	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.937	8.138	4594
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.877	39.887	7089
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.877	39.878	7087
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11013	0.12
1	2	B	11013	0.12
2	1	A	11319	0.1
2	2	C	11319	0.1
3	1	A	10916	0.12
3	2	D	10916	0.12
4	1	B	10804	0.13
4	2	C	10804	0.13
5	1	B	11189	0.1
5	2	D	11189	0.1
6	1	C	10806	0.13
6	2	D	10806	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.919→2.995 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	78	-
R_work	0.31	1671	-
obs	-	-	98.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9362	2.0904	-1.9534	3.3862	-1.9021	2.1473	0.0534	-0.2549	-0.1902	0.0871	-0.203	-0.4817	-0.2871	0.2314	0.1496	0.0802	0.0061	0.0137	0.1732	-0.0331	0.1387	53.2185	33.0158	1.0915
2	1.3768	-0.8221	-0.0929	6.4964	1.1413	1.5654	-0.0742	0.2659	-0.0808	-0.774	-0.0143	0.6416	-0.3716	-0.246	0.0886	0.1546	-0.002	-0.0712	0.2733	-0.0484	0.1166	28.8027	37.5009	-0.7919
3	2.1513	0.3854	0.0591	6.5375	2.1602	2.4744	-0.0614	-0.3808	0.0254	0.6225	0.0619	0.4777	0.1861	-0.1773	-0.0005	0.0719	0.053	0.0411	0.1908	0.009	0.0664	-11.7283	24.7886	24.8121
4	4.9755	-3.4983	0.5827	3.6236	-0.7227	0.4182	0.0159	0.0964	0.5444	-0.2803	-0.173	-0.2469	-0.1475	0.0894	0.1571	0.2846	-0.0556	-0.0752	0.0789	-0.053	0.2445	10.1795	36.381	22.2662

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	20 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	302
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	19 - 214
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	19 - 214
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	301

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