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- PDB-6g81: Solution structure of the Ni metallochaperone HypA from Helicobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g81
タイトルSolution structure of the Ni metallochaperone HypA from Helicobacter pylori
要素Hydrogenase maturation factor HypA
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / metallochaperone metal-binding Nickel hydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation binding / protein maturation / protein modification process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
hypothetical protein PF0899 fold - #80 / Hydrogenase maturation factor HypA/HybF / Hydrogenase nickel incorporation protein HypA/HybF, conserved site / Hydrogenase/urease nickel incorporation, metallochaperone, hypA / Hydrogenases expression/synthesis hypA family signature. / hypothetical protein PF0899 fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydrogenase maturation factor HypA
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori J99 (ピロリ菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Spronk, C.A.E.M. / Zerko, S. / Gorka, M. / Kozminski, W. / Bardiaux, B. / Zambelli, B. / Musiani, F. / Piccioli, M. / Hu, H. / Maroney, M. / Ciurli, S.
引用ジャーナル: J. Biol. Inorg. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure and dynamics of Helicobacter pylori nickel-chaperone HypA: an integrated approach using NMR spectroscopy, functional assays and computational tools.
著者: Spronk, C.A.E.M. / Zerko, S. / Gorka, M. / Kozminski, W. / Bardiaux, B. / Zambelli, B. / Musiani, F. / Piccioli, M. / Basak, P. / Blum, F.C. / Johnson, R.C. / Hu, H. / Merrell, D.S. / Maroney, M. / Ciurli, S.
履歴
登録2018年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrogenase maturation factor HypA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2872
ポリマ－13,2211
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7280 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Hydrogenase maturation factor HypA


分子量: 13221.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori J99 (ピロリ菌)
株: J99 / ATCC 700824 / 遺伝子: hypA, jhp_0803 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0U5
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
161isotropic13D HN(CA)CO
131isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D HBHANH
141isotropic13D HBHA(CO)NH
151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
1101isotropic32D (HB)CB(CGCD)HD
1111isotropic32D (HB)CB(CGCDCE)HE
1121isotropic33D HBCB(CGCD)HD
1131isotropic33D HBCB(CGCDCE)HE
1141isotropic43D 1H-13C NOESY aromatic
1151isotropic34D 13C(ali)-HMQC-NOESY-13C(aro)-HSQC
1161isotropic33D 1H-15N NOESY
1171isotropic34D 13C(ali)-HMQC-NOESY-13C(ali)-HMQC
1181isotropic34D 13C-HMQC-NOESY-15N-HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-13C; U-15N] HypA, 20 mM HEPES, 200 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMHypA[U-13C; U-15N]1
20 mMHEPESnatural abundance1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMTCEPnatural abundance1
試料状態詳細: Protein samples for NMR spectroscopy were constituted by ca. 1 mM [15N/13C]-labeled apo-HpHypA in 20 mM HEPES at pH 7.2 (or pH 6.3), 200 mM NaCl, 1 mM TCEP
イオン強度: 0.2 Not defined / Label: condition_1 / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9502
Agilent DDR2AgilentDDR28003
Agilent DDR2AgilentDDR26004

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Signal Separation Algorithm (SSA)Stanek, Kosinski, Kozminski解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
SparkyGoddardchemical shift assignment
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
YARIABardiaux, Krieger, Spronkstructure calculation
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
YASARAYASARA Biosciences精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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