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万見
- PDB-6g7z: Lariat-capping ribozyme with a shortened DP2 stem loop -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g7z
タイトルLariat-capping ribozyme with a shortened DP2 stem loop
要素(Lariat-capping ribozyme) x 2
キーワードRNA / Lariat capping ribozyme
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Didymium iridis (ゴマシオカタホコリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.33594999571 Å
データ登録者Masquida, B. / Meyer, M. / Olieric, V.
引用
ジャーナル: Rna / 年: 2019
タイトル: Conformational adaptation of UNCG loops upon crowding.
著者: Meyer, M. / Walbott, H. / Olieric, V. / Kondo, J. / Costa, M. / Masquida, B.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2014
タイトル: Speciation of a group I intron into a lariat capping ribozyme.
著者: Meyer, M. / Nielsen, H. / Olieric, V. / Roblin, P. / Johansen, S.D. / Westhof, E. / Masquida, B.
履歴
登録2018年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lariat-capping ribozyme
B: Lariat-capping ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2095
ポリマ－59,9662
非ポリマー2443
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area28740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.945, 88.791, 110.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: RNA鎖 Lariat-capping ribozyme


分子量: 42567.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Didymium iridis (ゴマシオカタホコリ)
#2: RNA鎖 Lariat-capping ribozyme


分子量: 17398.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Didymium iridis (ゴマシオカタホコリ)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 % / 解説: rod-like 50 ?m long
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM NaCl 100 mM HEPES pH 7.5 5-25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.33→44.4 Å / Num. obs: 108094 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 87.9280042935 Å2 / Net I/σ(I): 8.37
反射 シェル解像度: 3.3359→3.8184 Å / Num. unique obs: 2173

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.11rc1_2513精密化
PHENIX1.11rc1_2513精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
XDSデータ削減
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4p8z

4p8z


解像度: 3.33594999571→44.3955 Å / SU ML: 0.585939952286 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.00207155548 / 位相誤差: 41.5418750562
Rfactor反射数%反射
Rfree0.30422432529 418 5.01319261214 %
Rwork0.234660832043 --
obs0.238474450676 8338 92.6547394155 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 77.3605845159 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.33594999571→44.3955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3970 25 0 3995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00270746614344462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7292096173286955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0356566880287929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00310625878275186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.25002538132231
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3359-3.81840.3853601684221150.3074542525032173X-RAY DIFFRACTION77.9557069847
3.8184-4.80990.2784966961481470.2710735595322804X-RAY DIFFRACTION99.662276258
4.8099-44.39940.2916117730161560.1954325345982943X-RAY DIFFRACTION99.8710924911
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.2824686099 Å / Origin y: -1.52786626811 Å / Origin z: 18.1738677075 Å
111213212223313233
T0.402935683513 Å2-0.0652301546615 Å2-0.0228069546049 Å2-0.597097670431 Å2-0.0661382436584 Å2--0.445658257366 Å2
L1.77826242648 °20.90453229707 °20.198440002854 °2-1.62089046872 °2-0.117293136969 °2--2.86308240987 °2
S0.10492546927 Å °-0.415762829457 Å °0.210612583501 Å °0.222745534828 Å °-0.254833207211 Å °-0.0284080461667 Å °-0.120095931847 Å °0.498867441853 Å °0.121555167079 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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