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- PDB-6g7a: Crystal structure of human carbonic anhydrase isozyme XII 2-(benz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g7a
タイトルCrystal structure of human carbonic anhydrase isozyme XII 2-(benzylamino)-4-chloro-N-(2-hydroxyethyl)-5-sulfamoyl-benzamide
要素Carbonic anhydrase 12
キーワードLYASE / drug design / carbonic anhydrase / benzenesulfonamide / metal-binding / lyase-lyase inhibitor comple
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride ion homeostasis / estrous cycle / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EOQ / Carbonic anhydrase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Smirnov, A. / Manakova, E. / Grazulis, S.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: Design of two-tail compounds with rotationally fixed benzenesulfonamide ring as inhibitors of carbonic anhydrases.
著者: Zaksauskas, A. / Capkauskaite, E. / Jezepcikas, L. / Linkuviene, V. / Kisonaite, M. / Smirnov, A. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Matulis, D.
履歴
登録2018年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 12
B: Carbonic anhydrase 12
C: Carbonic anhydrase 12
D: Carbonic anhydrase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,21124
ポリマ－119,6694
非ポリマー2,54220
水24,4281356
1
A: Carbonic anhydrase 12
B: Carbonic anhydrase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,98110
ポリマ－59,8352
非ポリマー1,1478
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Carbonic anhydrase 12
D: Carbonic anhydrase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,23014
ポリマ－59,8352
非ポリマー1,39512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.296, 73.925, 91.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains two dimers:

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要素

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase 12 / Carbonate dehydratase XII / Carbonic anhydrase XII / CA-XII / Tumor antigen HOM-RCC-3.1.3


分子量: 29917.318 Da / 分子数: 4 / 断片: human carbonic anhydrase XII / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA12 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O43570, carbonic anhydrase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4
断片: 2-(benzylamino)-4-chloro-N-(2-hydroxyethyl)-5-sulfamoyl-benzamide
由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 断片: Zn / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-EOQ / 4-chloranyl-~{N}-(2-hydroxyethyl)-2-[(phenylmethyl)amino]-5-sulfamoyl-benzamide


分子量: 383.850 Da / 分子数: 4 / 断片: 1,2-ETHANEDIOL / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18ClN3O4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Crystallization buffer: 0.1M ammonium citrate (pH 7.2), 0.2 M ammonium sulfate and 26% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→86.29 Å / Num. obs: 173178 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.046 / Rsym value: 0.036 / Net I/av σ(I): 10.568 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.42-1.560.1864.1205030.0890.2270.18677.2
1.5-1.5970.1425.30.0640.1720.14296.5
1.59-1.76.70.1047.10.0490.1290.10496.8
1.7-1.837.10.0749.70.0350.0930.07497.5
1.83-2.016.70.05213.30.0260.0670.05297.9
2.01-2.257.20.0416.70.0190.0510.0498.3
2.25-2.596.80.03418.60.0170.0450.03498.7
2.59-3.187.20.02820.50.0140.0370.02899.4
3.18-4.496.80.02420.90.0120.030.02499.5
4.49-86.296.80.02315.50.0120.030.02399.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LL9

5ll9


解像度: 1.42→73.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU R Cruickshank DPI: 0.0681 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.071
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1859 17232 10 %RANDOM
Rwork0.1525 ---
obs0.1558 173152 94.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.58 Å2 / Biso mean: 17.0153 Å2 / Biso min: 5.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20.2 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→73.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8408 0 152 1356 9916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0199130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3321.95912447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.90451103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.72524.583456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.138151426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8181537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.21282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0217250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7541.3514343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.522.0215469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0811.6254787
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.457 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 789 -
Rwork0.184 7390 -
all-8179 -
obs--60.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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