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- PDB-6g6o: Crystal structure of the computationally designed Ika8 protein: c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g6o
タイトルCrystal structure of the computationally designed Ika8 protein: crystal packing No.1 in P63
要素Ika8
キーワードDE NOVO PROTEIN / Artificial protein / WD40 proteins
機能・相同性YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Noguchi, H. / Addy, C. / Simoncini, D. / Van Meervelt, L. / Schiex, T. / Zhang, K.Y.J. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D.
資金援助 ベルギー, 日本, 2件
組織認可番号国
G0E4717N, G0F9316N, G051917N ベルギー
Japan Science and Technology16H04779 日本
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019
タイトル: Computational design of symmetrical eight-bladed beta-propeller proteins.
著者: Noguchi, H. / Addy, C. / Simoncini, D. / Wouters, S. / Mylemans, B. / Van Meervelt, L. / Schiex, T. / Zhang, K.Y.J. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D.
履歴
登録2018年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ika8
B: Ika8
C: Ika8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6337
ポリマ－103,2653
非ポリマー3684
水3,927218
1
A: Ika8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6063
ポリマ－34,4221
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ika8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4221
ポリマ－34,4221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ika8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6063
ポリマ－34,4221
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)218.609, 218.609, 53.569
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Ika8


分子量: 34421.574 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.63 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.0, 0.2M CaCl2, 15% Glycerol, 16% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→46.62 Å / Num. obs: 90235 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.88 / Rpim(I) all: 0.145 / % possible all: 85.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→46.62 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 7.91 / 位相誤差: 34.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 4404 4.88 %
Rwork0.2281 --
obs0.2383 90223 97.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7167 0 24 218 7409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027343
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.499973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.7365739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491186
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0502-2.08550.31241620.27913666X-RAY DIFFRACTION80
2.0855-2.12350.31372080.27343837X-RAY DIFFRACTION84
2.1235-2.16430.29762110.27293949X-RAY DIFFRACTION87
2.1643-2.20850.30172230.27854290X-RAY DIFFRACTION93
2.2085-2.25650.32812180.27344330X-RAY DIFFRACTION95
2.2565-2.3090.32042280.27954359X-RAY DIFFRACTION95
2.309-2.36670.33031960.28834405X-RAY DIFFRACTION96
2.3667-2.43070.30921920.27864437X-RAY DIFFRACTION96
2.4307-2.50220.28882140.27874322X-RAY DIFFRACTION95
2.5022-2.5830.2912350.2684375X-RAY DIFFRACTION95
2.583-2.67530.30582000.26144432X-RAY DIFFRACTION96
2.6753-2.78240.28762160.26584349X-RAY DIFFRACTION95
2.7824-2.9090.28812600.25724353X-RAY DIFFRACTION94
2.909-3.06240.3062680.24284352X-RAY DIFFRACTION94
3.0624-3.25420.24482260.22984396X-RAY DIFFRACTION95
3.2542-3.50540.23272190.21944420X-RAY DIFFRACTION95
3.5054-3.8580.25572350.21214409X-RAY DIFFRACTION95
3.858-4.41580.2112110.19394415X-RAY DIFFRACTION95
4.4158-5.5620.20762550.1864392X-RAY DIFFRACTION93
5.562-46.63340.26381960.25614354X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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