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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g6n | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the computationally designed Tako8 protein in C2 | |||||||||
要素 | Tako8 | |||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / Artificial protein / WD40 proteins | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å | |||||||||
データ登録者 | Noguchi, H. / Addy, C. / Simoncini, D. / Van Meervelt, L. / Schiex, T. / Zhang, K.Y.J. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D. | |||||||||
資金援助 | ベルギー, 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019 タイトル: Computational design of symmetrical eight-bladed beta-propeller proteins. 著者: Noguchi, H. / Addy, C. / Simoncini, D. / Wouters, S. / Mylemans, B. / Van Meervelt, L. / Schiex, T. / Zhang, K.Y.J. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6g6n.cif.gz | 190.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6g6n.ent.gz | 152.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6g6n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6g6n_validation.pdf.gz | 416.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6g6n_full_validation.pdf.gz | 430.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6g6n_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6g6n_validation.cif.gz | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g6n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35024.230 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.86 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M citrate pH5.0, 3.4M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46.774 Å / Num. obs: 54194 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / CC1/2: 0.862 / Rpim(I) all: 0.304 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.001→46.774 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 41.37 / 位相誤差: 43.12
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.001→46.774 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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