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- PDB-6g3e: Crystal structure of EDDS lyase in complex with formate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g3e
タイトルCrystal structure of EDDS lyase in complex with formate
要素Argininosuccinate lyase
キーワードLYASE / C-N Lyase / metal chelator / EDDS / formate / tetramer / aspartase fumarase superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


argininosuccinate lyase / argininosuccinate lyase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / cytosol
類似検索 - 分子機能
Argininosuccinate lyase / Argininosuccinate lyase, C-terminal / Argininosuccinate lyase C-terminal / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Argininosuccinate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Chelativorans sp.
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Poddar, H. / Thunnissem, A.M.W.H. / Poelarends, G.J.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European Research Council242293 オランダ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for the Catalytic Mechanism of Ethylenediamine- N, N'-disuccinic Acid Lyase, a Carbon-Nitrogen Bond-Forming Enzyme with a Broad Substrate Scope.
著者: Poddar, H. / de Villiers, J. / Zhang, J. / Puthan Veetil, V. / Raj, H. / Thunnissen, A.W.H. / Poelarends, G.J.
履歴
登録2018年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Argininosuccinate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9195
ポリマ－55,7581
非ポリマー1614
水8,089449
1
A: Argininosuccinate lyase
ヘテロ分子

A: Argininosuccinate lyase
ヘテロ分子

A: Argininosuccinate lyase
ヘテロ分子

A: Argininosuccinate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,67720
ポリマ－223,0334
非ポリマー64416
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation14_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area35030 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area58440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.440, 144.330, 145.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1084-

HOH

21A-1108-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Argininosuccinate lyase


分子量: 55758.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chelativorans sp. (strain BNC1) (バクテリア)
株: BNC1 / 遺伝子: Meso_0564 / プラスミド: pBADN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q11KV9
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 2.0 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.7 Å / Num. obs: 58476 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G3D

6g3d


解像度: 1.9→19.991 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 14.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1658 2949 5.04 %
Rwork0.1447 --
obs0.1457 58476 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3812 0 10 449 4271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9175260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3571420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004683
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93120.25491460.23332547X-RAY DIFFRACTION97
1.9312-1.96440.22321030.222637X-RAY DIFFRACTION97
1.9644-2.00010.23381340.20162585X-RAY DIFFRACTION97
2.0001-2.03860.20811430.18652577X-RAY DIFFRACTION98
2.0386-2.08010.21651490.17782588X-RAY DIFFRACTION98
2.0801-2.12530.18631410.16542595X-RAY DIFFRACTION98
2.1253-2.17470.18511540.15152624X-RAY DIFFRACTION98
2.1747-2.2290.15151200.14472620X-RAY DIFFRACTION98
2.229-2.28920.19941450.14212598X-RAY DIFFRACTION98
2.2892-2.35650.15471420.13972625X-RAY DIFFRACTION99
2.3565-2.43240.17591330.13612659X-RAY DIFFRACTION99
2.4324-2.51920.1791460.14252608X-RAY DIFFRACTION99
2.5192-2.61980.17811520.14162656X-RAY DIFFRACTION99
2.6198-2.73880.17831550.14132622X-RAY DIFFRACTION99
2.7388-2.88280.16891320.1482670X-RAY DIFFRACTION99
2.8828-3.06280.16681390.14972681X-RAY DIFFRACTION100
3.0628-3.29830.14141550.13672680X-RAY DIFFRACTION100
3.2983-3.62840.13711420.11942691X-RAY DIFFRACTION100
3.6284-4.14940.1271430.10972696X-RAY DIFFRACTION100
4.1494-5.21240.11271400.11552743X-RAY DIFFRACTION100
5.2124-19.99210.18351350.15562825X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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