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- PDB-6g0v: Human Galectin-3 in complex with a TF tumor-associated antigen mimetic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g0v
タイトルHuman Galectin-3 in complex with a TF tumor-associated antigen mimetic
要素Galectin-3
キーワードCELL ADHESION / Galectin-3 / Thomsen-Friedenreich / tumour antigen / cancer / TF-mimetic
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding / eosinophil chemotaxis / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / signaling receptor inhibitor activity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / positive chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ficolin-1-rich granule membrane / immunological synapse / laminin binding / neutrophil chemotaxis / epithelial cell differentiation / RNA splicing / secretory granule membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to plasma membrane / spliceosomal complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / carbohydrate binding / : / protein phosphatase binding / mitochondrial inner membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EGZ / Galectin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Trovao, F.G. / Santarsia, S. / Carvalho, A.L.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
FEDERPOCI-01-0145-FEDER-007728 ポルトガル
FCT/MCTESUID/Multi/04378/2013 ポルトガル
引用ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018
タイトル: Molecular Recognition of a Thomsen-Friedenreich Antigen Mimetic Targeting Human Galectin-3.
著者: Santarsia, S. / Grosso, A.S. / Trovao, F. / Jimenez-Barbero, J. / Carvalho, A.L. / Nativi, C. / Marcelo, F.
履歴
登録2018年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2663
ポリマ－15,7351
非ポリマー5312
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.900, 58.200, 62.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 15735.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物 ChemComp-EGZ / (3~{R},5~{R},6~{S},7~{S},8~{R},13~{S})-5-(hydroxymethyl)-7-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-oxidanyl-11-oxidanylidene-2,4-dioxa-9-thia-12-azatricyclo[8.4.0.0^{3,8}]tetradec-1(10)-ene-13-carboxylic acid


分子量: 495.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H25NO13S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 34% (w/v) PEG 400, 100 mM Tris-HCl (pH 7.5), 100 mM MgCl2, 8 mM B-mercaptoethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→42.675 Å / Num. obs: 41602 / % possible obs: 76.2 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 11.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.09→1.14 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.09→42.675 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 20.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1771 2057 4.95 %
Rwork0.1528 --
obs0.1541 41557 76.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.63 Å2 / Biso mean: 18.3903 Å2 / Biso min: 8.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.09→42.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1109 0 58 223 1390
Biso mean--31.79 29.05 -
残基数----138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0351737
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.865497
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.0974-1.12290.2486440.244394899228
1.1229-1.1510.2698560.22271251130737
1.151-1.18210.228840.21321651173548
1.1821-1.21690.1848950.19222259235466
1.2169-1.25620.22711750.18852916309188
1.2562-1.30110.18411200.17782470259093
1.3011-1.35320.19221880.18193177336594
1.3532-1.41480.21011560.17753245340194
1.4148-1.48930.20611520.16612757290980
1.4893-1.58270.17661540.15572819297383
1.5827-1.70490.16661630.15433330349396
1.7049-1.87640.15831410.15093044318589
1.8764-2.14790.17251630.1372981314495
2.1479-2.70610.15811890.1483214340392
2.7061-42.7070.17841770.14213438361593
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.0988 Å / Origin y: -0.0968 Å / Origin z: 6.1645 Å
111213212223313233
T0.0761 Å2-0.0029 Å20.0162 Å2-0.0687 Å2-0.0041 Å2--0.0854 Å2
L0.3728 °20.0261 °20.2356 °2-1.3287 °20.8499 °2--1.6125 °2
S-0.0006 Å °-0.0194 Å °0.0487 Å °-0.0058 Å °0.0028 Å °0.0023 Å °-0.049 Å °-0.0178 Å °-0.0028 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA113 - 250
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 74
3X-RAY DIFFRACTION1allB75 - 153
4X-RAY DIFFRACTION1allB154 - 157
5X-RAY DIFFRACTION1allB158 - 223
6X-RAY DIFFRACTION1allB224 - 227
7X-RAY DIFFRACTION1allC1
8X-RAY DIFFRACTION1allD1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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