PDB-6fzi: Crystal Structure of a Clostridial Dehydrogenase at 2.55 Angstroe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fzi

タイトル

Crystal Structure of a Clostridial Dehydrogenase at 2.55 Angstroems Resolution

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) /

GAPDH / NAD /

dehydrogenase (脱水素酵素) /

anacardic acid /

curcumin (クルクミン) / complement / C5a / C3a / C3

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding /

NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens SM101 (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Gomez, S. / Querol-Garcia, J. / Sanchez-Barron, G. / Subias, M. / Gonzalez-Alsina, A. / Melchor-Tafur, C. / Franco-Hidalgo, V. / Alberti, S. / Rodriguez de Cordoba, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C.

資金援助

スペイン,

ベルギー, 7件

組織	認可番号	国
Instituto de Salud Carlos III	PI12/01667	スペイン
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	CTQ2015-66206-C2-2-R	スペイン
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	SAF2015-72961-EXP	スペイン
Spanish Network of Excellence on Complement	SAF2016-81876-REDT	スペイン
Regional Government of Madrid	S2010/BD-2316	スペイン
Regional Government of Madrid	S2017/BMD-3673	スペイン
European Commission, FP7 Programme	ComplexINC (Contract No. 279039)	ベルギー

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2019
タイトル: The Antimicrobials Anacardic Acid and Curcumin Are Not-Competitive Inhibitors of Gram-Positive Bacterial Pathogenic Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase by a Mechanism Unrelated to ...
著者: Gomez, S. / Querol-Garcia, J. / Sanchez-Barron, G. / Subias, M. / Gonzalez-Alsina, A. / Franco-Hidalgo, V. / Alberti, S. / Rodriguez de Cordoba, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C.

履歴

登録	2018年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fzi.cif.gz	514.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fzi.ent.gz	428.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fzi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/6fzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/6fzi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6fzhSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pym-1 3lc7-d 6fzh-1 3ksd-d 1dc5-2 7jwk-d 5jye-d 3doc-d 3k9q-d 4lsm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.280, 101.610, 92.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase 分子量: 35400.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens SM101 (ウェルシュ菌) 遺伝子: gap, CPR_1301 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rossetta pLysS 参照: UniProt: Q0STD4, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

#1: タンパク質

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase /

Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

分子量: 35400.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium perfringens SM101 (ウェルシュ菌)
遺伝子: gap, CPR_1301 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rossetta pLysS
参照: UniProt: Q0STD4,

酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

-
非ポリマー , 5種, 87分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M sodium acetate, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月27日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ FOCUSING SYSTEM
放射	モノクロメーター: CHANNEL-CUT MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→57.67 Å / Num. obs: 42341 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 67.2 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07224 / R_pim(I) all: 0.0391 / R_rim(I) all: 0.08253 / Net I/σ(I): 12.66
反射シェル	解像度: 2.55→2.641 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.9875 / Mean I/σ(I) obs: 1.24 / Num. unique obs: 4184 / CC_1/2: 0.605 / R_pim(I) all: 0.5292 / R_rim(I) all: 1.126 / % possible all: 99.71

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS	January 10, 2014	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FZH

6fzh

解像度: 2.55→54.783 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 25.62

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	4093	4.99 %	RANDOM SELECTION
R_work	0.1636	-	-	-
obs	0.1662	42320	98.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→54.783 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9914	0	292	61	10267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10365
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.167	14060
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.723	6211
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1657
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1803

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.58	0.4212	139	0.3319	2588	X-RAY DIFFRACTION	97
2.58-2.6115	0.3776	141	0.3144	2730	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6115-2.6445	0.3535	142	0.2911	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6445-2.6793	0.3185	143	0.2794	2691	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6793-2.716	0.3335	142	0.265	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
2.716-2.7548	0.3368	139	0.2596	2637	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7548-2.7959	0.3159	143	0.2605	2758	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7959-2.8396	0.3358	137	0.2659	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8396-2.8862	0.3052	141	0.2643	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8862-2.9359	0.2927	140	0.2343	2734	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9359-2.9893	0.2668	140	0.2276	2712	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9893-3.0468	0.3267	144	0.2277	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0468-3.109	0.2739	145	0.209	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
3.109-3.1766	0.2584	143	0.2068	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1766-3.2505	0.2773	138	0.1985	2614	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2505-3.3318	0.2399	143	0.1908	2694	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3318-3.4218	0.2268	135	0.1755	2672	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4218-3.5225	0.1958	144	0.1702	2702	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5225-3.6362	0.2373	145	0.1617	2672	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6362-3.7661	0.2242	142	0.158	2649	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7661-3.9169	0.2093	145	0.1447	2766	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9169-4.0951	0.1907	142	0.1336	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0951-4.3109	0.1831	145	0.1287	2733	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3109-4.5809	0.1716	140	0.1133	2678	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5809-4.9343	0.1587	138	0.1221	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9343-5.4305	0.1765	140	0.1186	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4305-6.2154	0.2165	140	0.1397	2709	X-RAY DIFFRACTION	98
6.2154-7.8271	0.1676	138	0.1546	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
7.8271-54.7959	0.1618	139	0.1346	2674	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8932	0.0197	0.432	2.7351	0.504	6.0968	0.0497	0.1596	-0.2234	-0.1221	-0.0115	0.79	0.6401	-0.9711	-0.0488	0.5206	-0.0833	-0.0763	0.5556	0.0603	0.7141	-16.7789	-13.5593	16.6243
2	1.8972	-0.0583	-0.2589	1.6641	-0.2244	2.2083	0.0498	0.5382	0.2228	-0.625	0.0544	0.4075	-0.0807	-0.4081	-0.1035	0.5347	0.0202	-0.1057	0.5345	0.063	0.477	-3.1138	1.7785	1.2385
3	3.232	0.2802	-1.1787	7.5008	-1.7003	5.3277	-0.1585	0.2477	-0.568	-0.4391	0.0305	-0.6298	1.1604	0.7147	0.1396	0.6229	0.1506	0.0012	0.5659	-0.0833	0.478	22.6453	-25.3571	22.0302
4	1.9676	0.1782	0.843	1.9389	-0.1929	3.3368	0.135	-0.2581	-0.1138	0.354	-0.0578	-0.1809	0.2602	0.4266	-0.0664	0.3942	0.0162	0.0041	0.4774	-0.0009	0.3814	17.684	-9.5352	42.2195
5	5.7786	2.3486	-0.1029	5.8667	-1.8938	6.9655	-0.0089	-0.1188	0.3714	-0.3086	-0.187	-0.7825	-0.4444	1.7098	0.204	0.5121	-0.1012	0.0479	0.8095	0.0186	0.5262	34.11	12.121	23.093
6	2.2375	0.0147	0.1954	2.396	-0.1232	6.0453	-0.1931	0.0113	0.9774	0.6295	-0.3399	-0.3782	-2.2989	1.4848	0.4834	1.0886	-0.3294	-0.0669	0.9074	0.0918	0.8143	35.8725	23.7253	17.5219
7	5.8131	4.6739	-1.2333	8.0912	-1.2553	2.5509	-0.3796	0.0935	-0.19	-0.6524	-0.3592	-1.4361	-0.6268	1.2415	0.6627	0.6724	-0.11	0.0153	1.0188	0.2355	0.6672	35.9253	16.5758	0.4311
8	2.2609	-0.0706	-1.4205	1.337	-0.4823	4.3306	0.0712	0.3848	0.199	-0.454	-0.0367	-0.0557	-0.4489	0.176	-0.0722	0.5428	-0.0353	0.012	0.5279	0.0929	0.5175	16.3766	9.255	1.7024
9	2.0598	0.1851	0.5288	3.0397	0.3278	3.4124	-0.0781	0.4627	0.0847	-0.3943	-0.0298	-0.3362	0.0912	0.6837	0.0953	0.4539	0.0267	0.0939	0.6001	0.0522	0.4189	24.3535	1.7511	2.271
10	1.9275	-0.0661	0.1544	4.5683	0.6124	6.8135	0.2364	0.0755	0.7085	0.1014	0.0744	0.951	-0.8953	-0.8171	-0.209	0.6143	0.1202	0.1061	0.4661	0.1037	0.8384	-7.2014	23.9262	25.3682
11	1.7272	0.214	0.5378	2.6473	-0.2399	5.9396	0.0343	-0.0687	0.7639	0.2411	0.0975	0.4053	-1.5804	-0.2133	-0.1511	0.8185	0.0769	0.1933	0.5092	-0.0293	0.8915	-3.6073	30.916	36.5383
12	2.685	-0.1679	-1.12	1.1806	0.3768	3.5953	0.1078	-0.3213	0.3783	0.3449	-0.0434	0.2676	-0.3833	-0.0216	-0.0846	0.4694	0.003	0.0604	0.3597	-0.0451	0.4958	2.2541	6.6015	43.4043
13	3.2656	-0.1856	-0.2775	2.3011	-0.1995	4.3454	0.0131	-0.1636	0.3484	0.1534	-0.0923	-0.0601	-0.2612	-0.2486	0.0596	0.4292	-0.0254	0.1467	0.3783	-0.01	0.5004	-3.751	8.4127	45.3078

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 128 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 129 through 331 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 118 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 119 through 332 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 2 through 56 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 57 through 128 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 129 through 149 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 150 through 264 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 265 through 332 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 1 through 56 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 57 through 149 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 150 through 294 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 295 through 332 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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