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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fxd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MupZ from Pseudomonas fluorescens | ||||||
要素 | MupZ | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / epoxide hydrolase | ||||||
機能・相同性 | Dimeric alpha-beta barrel / MupZ 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, L. / Parnell, A. / Williams, C. / Bakar, N.A. / van der Kamp, M.W. / Simpson, T.J. / Race, P.R. / Crump, M.P. / Willis, C.L. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Catal / 年: 2018 タイトル: A Rieske oxygenase/epoxide hydrolase-catalysed reaction cascade creates oxygen heterocycles in mupirocin biosynthesis 著者: Wang, L. / Parnell, A. / Williams, C. / Bakar, N.A. / van der Kamp, M.W. / Simpson, T.J. / Race, P.R. / Crump, M.P. / Willis, C.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fxd.cif.gz | 118.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fxd.ent.gz | 91.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fxd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6fxd_validation.pdf.gz | 429.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6fxd_full_validation.pdf.gz | 431.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6fxd_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6fxd_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/6fxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/6fxd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4dpoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16178.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: mupZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H7CRF0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM amino acids II, 0.1 M MOPSO, Bis-Tris pH 6.5 and 25% w/v PEG 4000, 40% w/v 1,2,6-hexanetriol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→31.233 Å / Num. all: 147200 / Num. obs: 45031 / % possible obs: 98.63 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.04094 / Rpim(I) all: 0.02652 / Rrim(I) all: 0.04894 / Net I/σ(I): 13.21 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.502 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4dpo 解像度: 1.45→31.233 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.93
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→31.233 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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