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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fwf | |||||||||
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タイトル | Low resolution structure of Neisseria meningitidis qNOR | |||||||||
要素 | Nitric-oxide reductase一酸化窒素レダクターゼ | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / reductase (還元酵素) / membrane-bound (生体膜) / nitric oxide (一酸化窒素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 一酸化窒素レダクターゼ / cytochrome bo3 ubiquinol oxidase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / heme binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Young, D. / Antonyuk, S. / Tosha, T. / Hisano, T. / Hasnain, S. / Shiro, Y. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Characterization of the quinol-dependent nitric oxide reductase from the pathogen Neisseria meningitidis, an electrogenic enzyme. 著者: Gonska, N. / Young, D. / Yuki, R. / Okamoto, T. / Hisano, T. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S. / Muramoto, K. / Shiro, Y. / Tosha, T. / Adelroth, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fwf.cif.gz | 160.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fwf.ent.gz | 124.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fwf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/6fwf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/6fwf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3ayfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84389.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (strain alpha14) (髄膜炎菌) 株: alpha14 / 遺伝子: norB, NMO_1451 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: C6S880, 一酸化窒素レダクターゼ | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 化合物 | ChemComp-FE / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.48 % |
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結晶化 | 温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 400, cadmium chloride, magnesium chloride, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月11日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 4.2→53.64 Å / Num. obs: 11511 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 170.75 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.251 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.261 / Net I/σ(I): 5.5 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3AYF 解像度: 4.2→53.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.85 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.82 / SU B: 137.639 / SU ML: 1.627 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.153 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 616.17 Å2 / Biso mean: 287.437 Å2 / Biso min: 99.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 4.2→53.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 4.2→4.309 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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