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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fvi | ||||||
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タイトル | ASH / PapD-like domain of human CEP192 (PapD-like domain 7) | ||||||
![]() | Centrosomal protein of 192 kDa | ||||||
![]() | CELL CYCLE / Centrosome / centriole / PapD-like domain / ASH domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() centrosome-templated microtubule nucleation / procentriole / procentriole replication complex / centriole replication / protein localization to centrosome / pericentriolar material / mitotic spindle assembly / phosphatase binding / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome ...centrosome-templated microtubule nucleation / procentriole / procentriole replication complex / centriole replication / protein localization to centrosome / pericentriolar material / mitotic spindle assembly / phosphatase binding / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / AURKA Activation by TPX2 / response to bacterium / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / centrosome / protein kinase binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kovalevskiy, O.V. / van Breugel, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: ASH / PapD-like domain of human CEP192 (PapD-like domain 7) 著者: Kovalevskiy, O. / van Breugel, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16950.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Na-Citrate, pH 5.5, 30 % (v/v) PEG-400, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.72932 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1→23.03 Å / Num. obs: 82358 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 1218883 / Scaling rejects: 90 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 388.59 Å2 / Biso mean: 15.199 Å2 / Biso min: 0.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1→43.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1→1.026 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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