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万見
- PDB-6ftk: Gp36-MPER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ftk
タイトルGp36-MPER
要素Envelope protein
キーワードVIRAL PROTEIN / MPER / Gp36 / FIV
機能・相同性Envelope glycoprotein, lentivirus / Lentivirus surface glycoprotein / Retroviral envelope protein GP41-like / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane / Envelope glycoprotein gp150
機能・相同性情報
生物種Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics / simulated annealing
データ登録者D'Ursi, A.M. / Grimaldi, M.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European Commission261863 オランダ
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: NMR Structure of the FIV gp36 C-Terminal Heptad Repeat and Membrane-Proximal External Region.
著者: Grimaldi, M. / Buonocore, M. / Scrima, M. / Stillitano, I. / D'Errico, G. / Santoro, A. / Amodio, G. / Eletto, D. / Gloria, A. / Russo, T. / Moltedo, O. / Remondelli, P. / Tosco, A. / Wienk, H.L.J. / D'Ursi, A.M.
履歴
登録2018年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22020年4月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1261
ポリマ－6,1261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5600 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)6 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope protein


分子量: 6126.001 Da / 分子数: 1 / 変異: M737L, M751L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / プラスミド: pET-31b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0E8G2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
121isotropic13D NOESY
131isotropic13D NOESY 13C-HSQC
141isotropic1NOESY 15N-HSQC
151isotropic23D CBCA(CO)NH
181isotropic23D HN(CA)CB
171isotropic23D HNCO
161isotropic23D HN(CA)CO
1101isotropic23D HBHA(CO)NH
191isotropic23D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 2 g/L [U-95% 13C] glucose, 1 g/L [U-98% 15N] ammonium sulfate, 90% H2O/10% D2O
詳細: 90% DPC-d38/ 10% SDS-d25 (27mM/3mM) micelle solution
Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 g/Lglucose[U-95% 13C]1
1 g/Lammonium sulfate[U-98% 15N]1
試料状態イオン強度: 0.15 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9001TCI cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002TXI probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3Goddardchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Bax精密化
精密化
手法ソフトェア番号
torsion angle dynamics3
simulated annealing2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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