PDB-6ftc: Thioredoxin glutathione reductase from Schistosoma mansoni in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ftc

タイトル

Thioredoxin glutathione reductase from Schistosoma mansoni in complex with HEPES

要素

Thioredoxin glutathione reductase

キーワード

FLAVOPROTEIN / Fragment / Allosteric pocket / Schistosomiasis / FAD/NAD linked reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Silvestri, I. / Fata, F. / MIele, A.E. / Boumis, G. / Williams, D.L. / Angelucci, F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Fragment-Based Discovery of a Regulatory Site in Thioredoxin Glutathione Reductase Acting as "Doorstop" for NADPH Entry.
著者: Silvestri, I. / Lyu, H. / Fata, F. / Boumis, G. / Miele, A.E. / Ardini, M. / Ippoliti, R. / Bellelli, A. / Jadhav, A. / Lea, W.A. / Simeonov, A. / Cheng, Q. / Arner, E.S.J. / Thatcher, G.R.J. ...

履歴

登録	2018年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ftc.cif.gz	356.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ftc.ent.gz	290.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ftc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ftc_validation.pdf.gz	1003.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ftc_full_validation.pdf.gz	1010 KB	表示
XML形式データ	6ftc_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	6ftc_validation.cif.gz	44.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/6ftc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/6ftc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fmuC 6fmzC 6fp4C 2v6oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2x8h-1 6fmu-1 6fp4-1 2v6o-1 6rtj-1 2x99-1 3h4k-1 6fmz-1 6rtm-1 5w1j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin glutathione reductase

ヘテロ分子

66.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin glutathione reductase

ヘテロ分子

A: Thioredoxin glutathione reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.934, 102.637, 61.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.08, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Thioredoxin glutathione reductase 分子量: 65108.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_048430 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: G4V8J4, thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)

-
非ポリマー , 6種, 595分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.77 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 3350 20%, HEPES 0.1 M pH=7.2., KI 0.2 M, 5mM Bme.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→38.051 Å / Num. obs: 76141 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.8→9 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4492 / CC_1/2: 0.702 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2V6O

2v6o

解像度: 1.8→38.051 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1953	3857	5.07 %
R_work	0.1755	-	-
obs	0.1765	76137	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.051 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4496	0	108	592	5196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4709
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.854	6379
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.045	2824
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	721
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	798

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.822	0.2748	128	0.2419	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
1.822-1.845	0.2502	135	0.2288	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.8693	0.2802	134	0.2236	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8693-1.8949	0.2484	136	0.2097	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8949-1.922	0.2491	119	0.2055	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.922-1.9507	0.2209	127	0.1967	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9507-1.9811	0.2101	139	0.1928	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9811-2.0136	0.2248	132	0.1889	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0136-2.0483	0.2315	136	0.1923	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0483-2.0856	0.2161	177	0.1794	2519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0856-2.1257	0.1823	134	0.1739	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1257-2.1691	0.1782	123	0.1705	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1691-2.2162	0.1655	129	0.1686	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2162-2.2678	0.2206	142	0.1629	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.3245	0.2014	128	0.1605	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3245-2.3873	0.1813	135	0.1628	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3873-2.4576	0.1944	147	0.1652	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4576-2.5369	0.202	128	0.1744	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5369-2.6275	0.2034	139	0.1695	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6275-2.7327	0.2	136	0.1726	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7327-2.857	0.2126	166	0.1699	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.857-3.0076	0.191	152	0.1739	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0076-3.196	0.1981	144	0.1774	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.196-3.4426	0.1919	147	0.1751	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4426-3.7887	0.1822	132	0.1617	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7887-4.3363	0.1667	148	0.1548	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3363-5.4607	0.1634	146	0.1564	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4607-38.06	0.1986	118	0.207	2676	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4548	0.4923	-0.5416	1.8592	-0.3011	0.569	-0.0061	0.093	0.3243	-0.4774	0.0645	-0.3216	-0.1128	0.1024	-0.0288	0.2991	-0.0484	0.0674	0.1922	-0.0123	0.3042	34.8577	22.6146	0.821
2	0.9978	-0.2071	0.6164	0.346	0.2268	0.7937	0.0087	-0.1272	-0.2925	-0.1197	0.0358	-0.0354	0.0486	-0.0504	-0.0346	0.2037	0.0108	0.0064	0.143	-0.0012	0.2312	10.3406	-11.0225	4.9135
3	0.7024	0.0154	0.2645	0.959	-0.2341	0.7224	-0.0575	-0.3602	-0.1777	0.0987	0.0659	-0.097	0.0283	-0.0472	-0.0092	0.1695	0.0498	0.0004	0.2563	0.0281	0.1407	14.0797	-4.2957	24.2888
4	1.9699	2.2936	-0.521	3.4079	-0.4017	0.5928	0.255	-0.4991	-0.1054	0.6904	-0.1345	-0.3714	-0.185	0.1372	-0.1574	0.2601	-0.0031	-0.0658	0.3258	-0.0376	0.1879	21.4221	8.2712	28.0088
5	1.2001	0.0414	0.262	0.4238	0.0042	0.6141	-0.1135	-0.195	0.181	-0.0058	0.0416	0.0589	-0.1274	-0.0975	0.0498	0.1912	0.0425	-0.0135	0.1392	-0.0395	0.15	0.5349	13.9311	9.9208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 158 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 159 through 218 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 219 through 384 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 385 through 415 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 416 through 592 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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