[日本語] English
万見
- PDB-6fsk: F194Y mutant of the Dye-decolorizing peroxidase (DYP) from Pleuro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fsk
タイトルF194Y mutant of the Dye-decolorizing peroxidase (DYP) from Pleurotus ostreatus
要素DyP-type peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / DyP dimeric alpha+beta barrel domain / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DyP-type peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pleurotus ostreatus PC15 (ヒラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Romero, A. / Davo-Siguero, I.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2016-77835-R スペイン
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Description of a non-canonical Mn(II)-oxidation site in peroxidases
著者: Fernandez-Fueyo, E. / Davo-Siguero, I. / Almendral, D. / Linde, D. / Baratto, M.C. / Pogni, R. / Romero, A. / Guallar, V. / Martinez, A.T.
履歴
登録2018年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年1月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_data_processing_status ...atom_site / pdbx_data_processing_status / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_solvent_atom_site_mapping / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_solvent_atom_site_mapping.auth_seq_id
改定 2.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DyP-type peroxidase
B: DyP-type peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7055
ポリマ－106,2772
非ポリマー1,4283
水20,1591119
1
A: DyP-type peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9503
ポリマ－53,1391
非ポリマー8122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DyP-type peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7552
ポリマ－53,1391
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.717, 117.575, 140.434
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 DyP-type peroxidase


分子量: 53138.641 Da / 分子数: 2 / 変異: F194Y / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cysteine at position 147 is oxidized to S-hydroxycysteine
由来: (組換発現) Pleurotus ostreatus PC15 (ヒラタケ)
遺伝子: DyP4, PLEOSDRAFT_1069077 / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067N4E7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.75 / 詳細: 0.2M MES pH=5.75 25%PEG 2000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976252 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月12日
放射モノクロメーター: Standard ESRF channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976252 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→70.22 Å / Num. obs: 144926 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.56→1.64 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 20996 / CC1/2: 0.745 / Rpim(I) all: 0.392 / Rrim(I) all: 0.649 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AFV

3afv


解像度: 1.56→70.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.493 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19885 7250 5 %RANDOM
Rwork0.16201 ---
obs0.16386 137552 97.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.56→70.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7477 0 98 1119 8694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0197733
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0411.96610516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.237316681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1845955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.03524.038364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.166151197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2371548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.21105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0218883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6641.6183829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6641.6183828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4122.4244781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4122.4244782
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.761.8423904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.761.8423904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1662.6575736
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.48820.8848995
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.48820.8868996
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.556→1.597 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 553 -
Rwork0.307 10100 -
obs--97.39 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る