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万見
- PDB-6fpr: Co-translational folding intermediate dictates membrane targeting... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fpr
タイトルCo-translational folding intermediate dictates membrane targeting of the signal recognition particle (SRP)- receptor
要素Signal recognition particle receptor FtsY
キーワードMembrane binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity ...signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain ...Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal recognition particle receptor FtsY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Karniel, A. / Mrusek, D. / Steinchen, W. / Dym, O. / Bange, G. / Bibi, E.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science FoundationISF 600/11 イスラエル
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Co-translational Folding Intermediate Dictates Membrane Targeting of the Signal Recognition Particle Receptor.
著者: Karniel, A. / Mrusek, D. / Steinchen, W. / Dym, O. / Bange, G. / Bibi, E.
履歴
登録2018年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal recognition particle receptor FtsY
B: Signal recognition particle receptor FtsY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8582
ポリマ－13,8582
非ポリマー00
水905
1
A: Signal recognition particle receptor FtsY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9291
ポリマ－6,9291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Signal recognition particle receptor FtsY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9291
ポリマ－6,9291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.573, 35.487, 31.697
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Signal recognition particle receptor FtsY / SRP receptor


分子量: 6928.821 Da / 分子数: 2 / 断片: N Terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: ftsY, b3464, JW3429 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10121
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% MPD NaCacodylate pH=6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.953723 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→40.88 Å / Num. obs: 5435 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 781 / Rrim(I) all: 0.586 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QY9

2qy9


解像度: 2.65→19.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 10.939 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.447 / ESU R Free: 0.303 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27699 257 4.7 %RANDOM
Rwork0.23827 ---
obs0.24023 5178 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.734 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0.02 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数849 0 0 5 854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.019851
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5972.0141143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01131951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7725110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.49126.57135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.28115170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.255154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1145.006446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1055445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9287.47554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.9247.476555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6355.867405
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.635.868406
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.8778.491590
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.46760.71950
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.46660.748951
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 16 -
Rwork0.231 363 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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