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万見
- PDB-6fos: Cyanidioschyzon merolae photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fos
タイトルCyanidioschyzon merolae photosystem I
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 3
  • (Photosystem I iron-sulfur ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 6
  • PsaM
  • Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24
  • Similar to light harvesting protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / membrane protein / photosynthetic complex / reaction center / photosystem
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis ...plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily ...Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24 / Photosystem I subunit O / Similar to light harvesting protein / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24 / Photosystem I subunit O / Similar to light harvesting protein / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I iron-sulfur center subunit VII / Photosystem I iron-sulfur center / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 4 Å
データ登録者Nelson, N. / Hippler, M. / Antoshvili, M. / Caspy, I.
資金援助 ベルギー, イスラエル, 2件
組織認可番号国
European Research Council293579 ベルギー
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
引用ジャーナル: Photosyn. Res. / 年: 2019
タイトル: Structure and function of photosystem I in Cyanidioschyzon merolae.
著者: Antoshvili, M. / Caspy, I. / Hippler, M. / Nelson, N.
履歴
登録2018年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.02025年4月9日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24
3: Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24
4: Similar to light harvesting protein
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A2
E: Photosystem I iron-sulfur center subunit VII
F: Photosystem I reaction center subunit II
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit X
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
O: PsaM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)451,733162
ポリマ－325,75515
非ポリマー125,979147
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37180 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area160290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.130, 213.520, 349.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 3種, 4分子 234O

#1: タンパク質 Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24


分子量: 24270.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: M1UU36
#2: タンパク質 Similar to light harvesting protein


分子量: 23987.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: M1VKK5
#14: タンパク質 PsaM


分子量: 10625.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: M1VFJ4

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 3種, 3分子 ABD

#3: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 81829.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FY7, photosystem I
#4: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 81301.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FY6, photosystem I
#6: タンパク質 Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A2


分子量: 13896.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FY0

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Photosystem I iron-sulfur ... , 2種, 2分子 CE

#5: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8691.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85G47, photosystem I
#7: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center subunit VII


分子量: 7890.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FZ1

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 6種, 6分子 FIJKLM

#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 18055.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FS9
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 3408.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FQ6
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4410.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FS8
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit X


分子量: 4820.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85G51
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 15157.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85FP8
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3139.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 参照: UniProt: Q85G73

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非ポリマー , 4種, 147分子

#15: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#16: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#17: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#18: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 80mM MgCl2 , 50mM Citric acid, 4-7.5% PEG 4000, 0.025% alpha-DM, pH 4.8-5.0 or 80mM MgCl2 , 50mM Cacodylate, 4-7.5% PEG 4000, 0.025% alpha-DM, pH 5-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→49 Å / Num. obs: 41951 / % possible obs: 80.89 % / 冗長度: 12 % / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 4→4.99 Å / Rpim(I) all: 1.236

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3042: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 4→48.53 Å / SU ML: 0.93 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 55.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4303 842 2.01 %
Rwork0.378 --
obs0.379 41925 80.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21093 0 4518 0 25611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00527219
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.82938593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.08614575
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0413358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4-4.25050.5679520.41632793X-RAY DIFFRACTION33
4.2505-4.57840.4347830.35284717X-RAY DIFFRACTION56
4.5784-5.03880.37241560.33597993X-RAY DIFFRACTION95
5.0388-5.76690.38241780.36868425X-RAY DIFFRACTION100
5.7669-7.26170.48431810.44528475X-RAY DIFFRACTION100
7.2617-48.53390.43561920.37048680X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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