PDB-6fmu: Thioredoxin glutathione reductase from Schistosome mansoni in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fmu

タイトル

Thioredoxin glutathione reductase from Schistosome mansoni in complex with 2-[4-(4-amino-butyl)-piperazin-1-yl]-ethanol

要素

Thioredoxin glutathione reductase

キーワード

FLAVOPROTEIN / Fragment / Allosteric pocket / Schistosomiasis / FAD/NAD linked reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Silvestri, I. / Fata, F. / MIele, A.E. / Boumis, G. / Williams, D.L. / Angelucci, F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Fragment-Based Discovery of a Regulatory Site in Thioredoxin Glutathione Reductase Acting as "Doorstop" for NADPH Entry.
著者: Silvestri, I. / Lyu, H. / Fata, F. / Boumis, G. / Miele, A.E. / Ardini, M. / Ippoliti, R. / Bellelli, A. / Jadhav, A. / Lea, W.A. / Simeonov, A. / Cheng, Q. / Arner, E.S.J. / Thatcher, G.R.J. ...

履歴

登録	2018年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fmu.cif.gz	349.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fmu.ent.gz	286.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fmu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fmu_validation.pdf.gz	1001.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fmu_full_validation.pdf.gz	1006.8 KB	表示
XML形式データ	6fmu_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	6fmu_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/6fmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/6fmu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fmzC 6fp4C 6ftcC 2v6oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2x99-1 6ftc-1 6fp4-1 2x8g-1 2x8h-1 6rtj-1 6fmz-1 2x8c-d 3h4k-1 2v6o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin glutathione reductase

ヘテロ分子

66.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin glutathione reductase

ヘテロ分子

A: Thioredoxin glutathione reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
132 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.235, 102.257, 58.661
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Thioredoxin glutathione reductase 分子量: 65061.145 Da / 分子数: 1 / 変異: U597C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_048430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4V8J4, thioredoxin-disulfide reductase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-DVK / 2-[4-(4-azanylbutyl)piperazin-1-yl]ethanol 分子量: 201.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₃N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.51 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Bis-tris 0.1M PH = 7.0; Peg 3350 20%; KI 0.2 M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 71563 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4144 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2v6o

2v6o

解像度: 1.8→37.13 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1812	3516	4.91 %
R_work	0.1552	-	-
obs	0.1565	71553	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4503	0	77	554	5134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4672
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	6333
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.797	2778
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	722
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	795

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8003-1.825	0.2925	120	0.2409	2659	X-RAY DIFFRACTION	96
1.825-1.8511	0.2375	126	0.2083	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8511-1.8787	0.2371	129	0.1943	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8787-1.9081	0.2302	140	0.191	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9081-1.9393	0.2305	150	0.1815	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9393-1.9728	0.2049	132	0.1729	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9728-2.0086	0.2047	134	0.1725	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0086-2.0473	0.2164	132	0.1745	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0473-2.0891	0.2303	153	0.17	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0891-2.1345	0.1843	131	0.1684	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1345-2.1841	0.1943	165	0.155	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1841-2.2387	0.1955	101	0.1606	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2387-2.2993	0.1864	126	0.1526	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2993-2.3669	0.1974	127	0.1539	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3669-2.4433	0.1758	151	0.1475	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4433-2.5306	0.2014	119	0.1499	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5306-2.6319	0.1759	170	0.1534	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6319-2.7516	0.1858	163	0.151	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7516-2.8967	0.1681	130	0.1514	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8967-3.0781	0.1848	163	0.1551	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0781-3.3156	0.1892	141	0.1545	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3156-3.649	0.1691	154	0.1444	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.649-4.1764	0.1378	144	0.1352	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1764-5.2594	0.1377	145	0.1289	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2594-37.1376	0.1969	170	0.1724	2779	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0914	0.0024	-0.0748	0.0384	-0.0552	0.0589	-0.001	0.052	0.0772	-0.2152	0.0874	-0.1405	0.0068	-0.0224	0.0004	0.2759	-0.0737	0.0945	0.2099	-0.0104	0.3185	156.8495	25.6353	51.5854
2	0.0499	-0.0239	0.0097	0.0428	0.04	0.0572	-0.0242	-0.0656	-0.0781	-0.0548	0.0306	-0.0524	-0.0108	0.03	-0	0.1645	0.0015	-0.0024	0.1755	0.0024	0.1852	135.6867	-9.3376	61.6524
3	0.0179	-0.0212	0.0026	0.034	-0.0112	0.0076	-0.0501	-0.1419	0.0444	0.042	0.0629	-0.1597	0.0752	0.0942	-0	0.1929	-0.0185	-0.0282	0.2482	-0.0486	0.2709	156.5213	6.7312	70.8275
4	0.3084	-0.0596	0.008	0.2194	-0.0732	0.4056	-0.0374	-0.1103	0.0255	0.0335	0.0401	-0.0043	-0.0393	-0.0146	-0	0.1514	0.018	-0.0021	0.1473	-0.0129	0.1284	125.1325	3.0415	71.5286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 129 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 130 through 218 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 219 through 261 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 262 through 593 )

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