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- PDB-6fl8: Inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase from A. thaliana in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fl8
タイトルInositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase from A. thaliana in complex with purpurogallin and ADP
要素Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
キーワードTRANSFERASE / IPK1 / PURPUROGALLIN / ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-pentakisphosphate 2-kinase / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase activity / myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process / lateral root development / inositol phosphate biosynthetic process / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate ion homeostasis / defense response to fungus / defense response to virus ...inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-pentakisphosphate 2-kinase / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase activity / myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process / lateral root development / inositol phosphate biosynthetic process / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate ion homeostasis / defense response to fungus / defense response to virus / defense response to bacterium / phosphorylation / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol-pentakisphosphate 2-kinase, N-lobe / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase, N-terminal lobe / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 2,3,4,6-tetrahydroxy-5H-benzo[7]annulen-5-one / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Whitfield, H.L. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: A Fluorescent Probe Identifies Active Site Ligands of Inositol Pentakisphosphate 2-Kinase.
著者: Whitfield, H. / Gilmartin, M. / Baker, K. / Riley, A.M. / Godage, H.Y. / Potter, B.V.L. / Hemmings, A.M. / Brearley, C.A.
履歴
登録2018年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
B: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,72118
ポリマ－105,7282
非ポリマー1,99316
水4,756264
1
A: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7257
ポリマ－52,8641
非ポリマー8616
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,99611
ポリマ－52,8641
非ポリマー1,13210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.990, 61.450, 83.430
Angle α, β, γ (deg.)89.55, 88.00, 62.08
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Inositol-pentakisphosphate 2-kinase


分子量: 52863.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AXX17_At5g40720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A178UAB5, UniProt: Q93YN9*PLUS, inositol-pentakisphosphate 2-kinase

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非ポリマー , 7種, 280分子

#2: 化合物 ChemComp-TIY / 2,3,4,6-tetrahydroxy-5H-benzo[7]annulen-5-one / Purpurogallin / プルプロガリン


分子量: 220.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8O5
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18 % PEG 3350, 0.1 M bis-tris propane pH 6.5, 2 mM MgCl2, 25% EG or 35% PEG 3350, 0.1 M bis-tris propane pH 6.5, 2 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→54.29 Å / Num. obs: 55908 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 38.53 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 129143 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.3 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.1-2.150.67541990.5270.5650.88492.1
9.39-54.290.0386670.9930.0310.04997.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Aimless0.5.23データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XAM

2xam


解像度: 2.1→54.295 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 2765 4.95 %
Rwork0.1983 --
obs0.2007 55881 90.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→54.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6721 0 123 264 7108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9689394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7634213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13620.40211360.32482733X-RAY DIFFRACTION92
2.1362-2.17510.33971610.29572617X-RAY DIFFRACTION92
2.1751-2.21690.34231610.2812684X-RAY DIFFRACTION92
2.2169-2.26210.3481540.26762645X-RAY DIFFRACTION91
2.2621-2.31130.29511460.24632624X-RAY DIFFRACTION90
2.3113-2.36510.31661300.24562564X-RAY DIFFRACTION88
2.3651-2.42430.3149910.23662423X-RAY DIFFRACTION83
2.4243-2.48980.27961190.22922789X-RAY DIFFRACTION94
2.4898-2.56310.31121620.21972718X-RAY DIFFRACTION94
2.5631-2.64580.27531480.2182709X-RAY DIFFRACTION93
2.6458-2.74030.25521010.21612738X-RAY DIFFRACTION92
2.7403-2.85010.28171170.21282702X-RAY DIFFRACTION92
2.8501-2.97980.26081950.21812599X-RAY DIFFRACTION90
2.9798-3.13680.2631590.2142415X-RAY DIFFRACTION84
3.1368-3.33340.22981020.2072781X-RAY DIFFRACTION94
3.3334-3.59070.2593900.1912821X-RAY DIFFRACTION95
3.5907-3.95190.26041600.18262681X-RAY DIFFRACTION93
3.9519-4.52350.21690.16222542X-RAY DIFFRACTION88
4.5235-5.69820.20961240.16712673X-RAY DIFFRACTION91
5.6982-54.3130.18061400.16782658X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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