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- PDB-6fks: Crystal structure of a dye-decolorizing peroxidase from Klebsiell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fks
タイトルCrystal structure of a dye-decolorizing peroxidase from Klebsiella pneumoniae (KpDyP)
要素Iron-dependent peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta barrel / heme binding / DyP / enzymatic redox reaction
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.60000463928 Å
データ登録者Pfanzagl, V. / Hofbauer, S. / Mlynek, G.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundW1224 オーストリア
Austrian Science FundG005416N オーストリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Roles of distal aspartate and arginine of B-class dye-decolorizing peroxidase in heterolytic hydrogen peroxide cleavage.
著者: Pfanzagl, V. / Nys, K. / Bellei, M. / Michlits, H. / Mlynek, G. / Battistuzzi, G. / Djinovic-Carugo, K. / Van Doorslaer, S. / Furtmuller, P.G. / Hofbauer, S. / Obinger, C.
履歴
登録2018年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02019年10月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _cell.Z_PDB / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-dependent peroxidase
B: Iron-dependent peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,55710
ポリマ－66,9072
非ポリマー1,6508
水9,458525
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area22710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.520, 75.850, 75.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Iron-dependent peroxidase / Peroxidase / Putative deferrochelatase/peroxidase YfeX


分子量: 33453.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: yfeX, AGG09_21550, B1727_13990, B8011_07420, BL102_0001560, BN49_3985, BVX91_12125, CEO55_07245, CIT28_09840, CP905_14695, PMK1_00271, SAMEA3531778_01640, SM57_03027
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0W8ATM9, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / 参照: UniProt: A0A0W8ATM9*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 23% w/v PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→52.22 Å / Num. obs: 69426 / % possible obs: 96.86 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 17.7363405784 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04149 / Rpim(I) all: 0.02764 / Rrim(I) all: 0.05004 / Net I/σ(I): 16.64
反射 シェル解像度: 1.6→1.675 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4457 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / Num. unique obs: 6619 / CC1/2: 0.802 / Rpim(I) all: 0.3253 / Rrim(I) all: 0.5549 / % possible all: 93.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5de0

5de0


解像度: 1.60000463928→52.2177435523 Å / SU ML: 0.141380258865 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34753647333 / 位相誤差: 16.1468497068
Rfactor反射数%反射
Rfree0.166994977276 3418 4.9253559283 %
Rwork0.128096361396 --
obs0.130008679742 69396 96.8663195656 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.7530478625 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.60000463928→52.2177435523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4645 0 112 525 5282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007200049119564908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9665390272966663
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105194691885692
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00492307382527878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.10253017962874
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62290.21229102751230.1785494292812523X-RAY DIFFRACTION88.9112903226
1.6229-1.64710.2163641636641510.1790622145762689X-RAY DIFFRACTION95.7195820694
1.6471-1.67280.2617389570931560.163756127762690X-RAY DIFFRACTION96.1811422778
1.6728-1.70030.2332707430721500.1588248777062706X-RAY DIFFRACTION96.4213369345
1.7003-1.72960.225634884351260.1432988859812766X-RAY DIFFRACTION96.6254594053
1.7296-1.7610.2108764190091420.1350789433122736X-RAY DIFFRACTION96.7069892473
1.761-1.79490.1725966942171400.1327423644282721X-RAY DIFFRACTION96.6554054054
1.7949-1.83150.1901609734441170.1277384214782751X-RAY DIFFRACTION96.2416107383
1.8315-1.87140.183084500881290.1228953372272708X-RAY DIFFRACTION95.4897340963
1.8714-1.91490.1873060240891310.1172383179122782X-RAY DIFFRACTION98.578680203
1.9149-1.96280.1487233217171440.1042700313312750X-RAY DIFFRACTION97.3100201748
1.9628-2.01590.1779717048711430.1001546384042791X-RAY DIFFRACTION97.7022977023
2.0159-2.07520.1686277611141630.09944814236252761X-RAY DIFFRACTION98.5175202156
2.0752-2.14220.1623948185921380.1026932858792777X-RAY DIFFRACTION97.8516280631
2.1422-2.21870.1567257271991410.1049913479552747X-RAY DIFFRACTION97.1736204576
2.2187-2.30760.148506084661680.1025329232022735X-RAY DIFFRACTION97.1227835396
2.3076-2.41260.140490490231520.1055806760582790X-RAY DIFFRACTION97.9686979687
2.4126-2.53980.1918455322151130.115472086062809X-RAY DIFFRACTION98.0866062437
2.5398-2.69890.1653985924161530.1162928910272783X-RAY DIFFRACTION98.3255190891
2.6989-2.90730.1586585788931570.1223047626992752X-RAY DIFFRACTION97.3560910308
2.9073-3.19980.1669860004331550.1242887851662769X-RAY DIFFRACTION97.0139349701
3.1998-3.66270.1422404875691480.1244651756212792X-RAY DIFFRACTION98.1308411215
3.6627-4.61420.1375252109721400.1199778198382795X-RAY DIFFRACTION97.217621729
4.6142-52.24550.1892738486511380.1902061048532855X-RAY DIFFRACTION97.4918566775

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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