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- PDB-6fjw: Streptococcus thermophilus Cas6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fjw
タイトルStreptococcus thermophilus Cas6
要素Cas6 protein
キーワードHYDROLASE / ribonuclease / Cas6 / CRISPR / RNA binding protein
機能・相同性CRISPR-associated protein Cas6, C-terminal / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6 / CRISPR-associated protein, Cas6 / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6
機能・相同性情報
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tamulaitiene, G. / Mogila, I. / Siksnys, V. / Tamulaitis, G.
資金援助リトアニア, 1件
組織認可番号国
Research council of LthuaniaAPP-3/2016リトアニア
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Streptococcus thermophilus Cas6
著者: Mogila, I. / Kazlauskiene, M. / Tamulaitiene, G. / Siksnys, V. / Tamulaitis, G.
履歴
登録2018年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cas6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7342
ポリマ－28,6941
非ポリマー401
水21612
1
A: Cas6 protein
ヘテロ分子

A: Cas6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4674
ポリマ－57,3872
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.469, 91.469, 72.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cas6 protein


分子量: 28693.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: cas6 / プラスミド: pCOLA_Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: A0A0A7HF73
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystallization buffer was 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 0.2 M CaCl2, 2.8% ethanol, 2.8% ethylene glycol, 2.8% 2-propanol,2.8% n-butanol, 2.8% 2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月18日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→79.214 Å / Num. all: 9685 / Num. obs: 9685 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 67.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.108 / Rsym value: 0.082 / Net I/av σ(I): 5.9 / Net I/σ(I): 29.5 / Num. measured all: 194927
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.8519.50.8790.92766114210.2090.9290.8794.199.9
2.85-3.0221.10.531.42752413070.1210.560.537.399.8
3.02-3.2320.70.2962.62573812440.0690.3170.29612.1100
3.23-3.4919.40.1594.82245211560.0390.1750.15919.7100
3.49-3.8220.80.1365.32245410780.0330.150.13626.7100
3.82-4.2720.50.07110197079590.0190.0870.07143.2100
4.27-4.9319.80.04813.8172238680.0140.0650.04859.6100
4.93-6.0420.60.04913.9151717380.0170.0790.04961.5100
6.04-8.5419.10.04115.8109825740.0190.0860.04165.8100
8.54-79.21417.70.034960153400.0160.0650.03480.7100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
SCALA3.2.19データスケーリング
SHELXDE位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→79.214 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 27.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2519 1796 9.63 %
Rwork0.2135 16848 -
obs0.2171 9666 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.66 Å2 / Biso mean: 67.1512 Å2 / Biso min: 36.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→79.214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1842 0 1 12 1855
Biso mean--94.67 62.66 -
残基数----239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5372577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02300
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.661670
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7002-2.77320.391190.30513651484
2.7732-2.85480.32081250.301612921417
2.8548-2.94690.35821450.290712821427
2.9469-3.05230.38081370.29112901427
3.0523-3.17450.27811640.266612651429
3.1745-3.3190.28791620.238512661428
3.319-3.49390.25911510.216812881439
3.4939-3.71280.30231170.226612961413
3.7128-3.99950.27051480.212112851433
3.9995-4.4020.17681390.182912921431
4.402-5.03880.16131230.152613291452
5.0388-6.3480.25461390.209512821421
6.348-79.24850.25991270.210813161443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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