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万見
- PDB-6fja: Crystal structure of T2D three-domain heme-Cu nitrite reductase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fja
タイトルCrystal structure of T2D three-domain heme-Cu nitrite reductase from Ralstonia pickettii
要素Nitrite reductase
キーワードELECTRON TRANSPORT / nitrite reductase / electron transfer / redox reactions / tyrosine activation
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Nitrite reductase, copper-type / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cytochrome c family profile. ...: / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Nitrite reductase, copper-type / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HEME C / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia pickettii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Antonyuk, S.V. / Eady, R. / Hasnain, S.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L006960/1 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Activation of redox tyrosine switch is required for ligand binding at the catalytic site in heme-cu nitrite reductases
著者: Dong, J. / Sasaki, D. / Eady, R. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2018年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6313
ポリマ－49,9491
非ポリマー6822
水7,873437
1
A: Nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,8929
ポリマ－149,8463
非ポリマー2,0466
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area17520 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area43960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.230, 128.230, 86.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-951-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nitrite reductase


分子量: 49948.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6NAW4, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: droplet like
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: Bis-Tris propane, 01M citrate, 22% P3350 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月17日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.66 Å / Num. obs: 26499 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/av σ(I): 9.2 / Net I/σ(I): 0.993
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1798 / CC1/2: 0.559 / Rpim(I) all: 0.43 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZIY

3ziy


解像度: 2.2→46.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 5.123 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17538 1343 5.1 %RANDOM
Rwork0.13608 ---
obs0.13807 25151 98.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.748 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-0.19 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---1.22 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→46.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3427 0 44 437 3908
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193563
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5161.9734856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93337729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7365454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36824.459148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.09315542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3641515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02807
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4572.8031819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4572.81818
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1954.1982272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1954.2012273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6353.1141742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6363.1141740
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3384.5432582
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.62824.4194306
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.27523.614117
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 86 -
Rwork0.244 1704 -
obs--90.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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