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- PDB-6fj8: Structure of Thaumatin collected from an in situ crystal collecte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fj8
タイトルStructure of Thaumatin collected from an in situ crystal collected on ID30B at 12.7 keV.
要素Thaumatin-1
キーワードPLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thaumatin / Thaumatin / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Thaumatin I
類似検索 - 構成要素
生物種Thaumatococcus daniellii (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者McCarthy, A.A. / Mueller-Dieckmann, C.
引用ジャーナル: J Synchrotron Radiat / 年: 2018
タイトル: ID30B - a versatile beamline for macromolecular crystallography experiments at the ESRF.
著者: McCarthy, A.A. / Barrett, R. / Beteva, A. / Caserotto, H. / Dobias, F. / Felisaz, F. / Giraud, T. / Guijarro, M. / Janocha, R. / Khadrouche, A. / Lentini, M. / Leonard, G.A. / Lopez Marrero, ...著者: McCarthy, A.A. / Barrett, R. / Beteva, A. / Caserotto, H. / Dobias, F. / Felisaz, F. / Giraud, T. / Guijarro, M. / Janocha, R. / Khadrouche, A. / Lentini, M. / Leonard, G.A. / Lopez Marrero, M. / Malbet-Monaco, S. / McSweeney, S. / Nurizzo, D. / Papp, G. / Rossi, C. / Sinoir, J. / Sorez, C. / Surr, J. / Svensson, O. / Zander, U. / Cipriani, F. / Theveneau, P. / Mueller-Dieckmann, C.
履歴
登録2018年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / pdbx_related_exp_data_set
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thaumatin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3772
ポリマ－22,2271
非ポリマー1501
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area9660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.569, 58.569, 151.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Thaumatin-1 / Thaumatin I


分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thaumatococcus daniellii (植物) / 発現宿主: Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES and 0.7 M potassium/sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月9日
詳細: Be CRL (vertical focusing) and Rh stripe Elliptical mirror (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→54.64 Å / Num. obs: 42124 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2031 / CC1/2: 0.39 / Rpim(I) all: 0.712 / Rrim(I) all: 1.37 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0171精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5a47

5a47


解像度: 1.5→54.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 2.731 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16688 2130 5.1 %RANDOM
Rwork0.1299 ---
obs0.13174 39983 97.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.094 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→54.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1545 0 10 120 1675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.021660
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.962274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9773.0023448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.8635.109229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.14823.28467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4115257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5451512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6661.907845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5961.904844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2262.8761060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2522.8781061
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3622.312815
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3662.315812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9613.31202
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.34522.7371744
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.26622.5631733
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.34533135
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.942592
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.37953107
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 180 -
Rwork0.296 2900 -
obs--98.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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