PDB-6fj6: Structure of Thaumatin collected at 100K on ID30B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fj6

タイトル

Structure of Thaumatin collected at 100K on ID30B

要素

Thaumatin-1

キーワード

PLANT PROTEIN / Sweet protein from Thaumatococcus daniellii

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.08 Å

データ登録者

McCarthy, A.A. / Mueller-Dieckmann, C.

引用

ジャーナル: J Synchrotron Radiat / 年: 2018
タイトル: ID30B - a versatile beamline for macromolecular crystallography experiments at the ESRF.
著者: McCarthy, A.A. / Barrett, R. / Beteva, A. / Caserotto, H. / Dobias, F. / Felisaz, F. / Giraud, T. / Guijarro, M. / Janocha, R. / Khadrouche, A. / Lentini, M. / Leonard, G.A. / Lopez Marrero, ...

履歴

登録	2018年1月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / pdbx_related_exp_data_set Item: _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fj6.cif.gz	102.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fj6.ent.gz	78.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fj6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fj6_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fj6_full_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示
XML形式データ	6fj6_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	6fj6_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fj6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fidC 6fj2C 6fj4C 6fj8C 6fj9C 3e0aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6coa-d 4dj0-d 2wbz-d 5k7q-d 4diy-d 5kw5-d 3zej-d 5x9m-d 5lh1-d 6e0d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/544 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin-1

ヘテロ分子

22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.951, 57.951, 150.725
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin-1 / Thaumatin I 分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thaumatococcus daniellii (植物) / 発現宿主: Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.9 % / 解説: Large bipyramids
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 0.7 M sodium/potassium tartrate and 20% glycerol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月15日詳細: Be CRL (vertical focusing) and Rh coating elliptical mirror (horizontal focusing)
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.08→54.09 Å / Num. obs: 99222 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 11.6 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.08→1.12 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 6841 / CC_1/2: 0.857 / R_pim(I) all: 0.544 / R_rim(I) all: 0.845 / % possible all: 63.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3e0a

3e0a

解像度: 1.08→54.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 1.069 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16645	4831	5 %	RANDOM
R_work	0.14808	-	-	-
obs	0.149	91794	87.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.711 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.08→54.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1547	0	34	171	1752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.822	1.966	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.076	3.002	3486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.292	5.109	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.201	23.088	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.88	15	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.695	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	363
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.477	1.499	852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.399	1.494	851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.902	2.26	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.907	2.263	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.279	1.798	833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.287	1.797	833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.735	2.571	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.11	19.418	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.898	18.882	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.079	3	3179
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	27.678	5	115
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	11.66	5	3185

LS精密化シェル

解像度: 1.081→1.109 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.454	224	-
R_work	0.47	4461	-
obs	-	-	58.16 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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