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- PDB-6fiz: Crystal Structure of CNG mimicking NaK-EAPP mutant (T67A) cocryst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fiz
タイトルCrystal Structure of CNG mimicking NaK-EAPP mutant (T67A) cocrystallized with K+
要素Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CNG mimick / ion channel / transport channel
機能・相同性
機能・相同性情報


non-motile cilium membrane / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / VxPx cargo-targeting to cilium / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / Golgi-associated vesicle membrane / ciliary membrane / sodium ion transport / monoatomic cation transmembrane transport / cGMP binding ...non-motile cilium membrane / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / VxPx cargo-targeting to cilium / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / Golgi-associated vesicle membrane / ciliary membrane / sodium ion transport / monoatomic cation transmembrane transport / cGMP binding / potassium channel activity / cAMP binding / potassium ion transport / Olfactory Signaling Pathway / calcium channel activity / calcium ion transport / sensory perception of smell / calmodulin binding / protein-containing complex binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide-gated channel, C-terminal leucine zipper domain / C-terminal leucine zipper domain of cyclic nucleotide-gated channels / : / Two pore domain potassium channel / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Helix Hairpins - #70 / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Potassium channel domain / Ion channel ...Cyclic nucleotide-gated channel, C-terminal leucine zipper domain / C-terminal leucine zipper domain of cyclic nucleotide-gated channels / : / Two pore domain potassium channel / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Helix Hairpins - #70 / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Potassium channel domain / Ion channel / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / : / Cyclic nucleotide-gated channel alpha-2 / Potassium channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Napolitano, L.M.R. / De March, M. / Steiner, R.A. / Onesti, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of CNG mimicking NaK-EAPP mutant (T67A) cocrystallized with K+
著者: Napolitano, L.M.R. / De March, M. / Onesti, S. / Steiner, R.A.
履歴
登録2018年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _entity.pdbx_description
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
B: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
C: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
D: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
E: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
F: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
G: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
H: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
I: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
J: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
K: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
L: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
M: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
N: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
O: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
P: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,50695
ポリマ-164,70616
非ポリマー5,80079
1,71195
1
A: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
B: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
C: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
D: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,16318
ポリマ-41,1764
非ポリマー98614
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area17600 Å2
手法PISA
2
E: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
F: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
G: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
H: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,43121
ポリマ-41,1764
非ポリマー1,25417
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area17300 Å2
手法PISA
3
I: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
J: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
K: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
L: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,80626
ポリマ-41,1764
非ポリマー1,63022
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8390 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
4
M: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
N: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
O: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
P: Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,10730
ポリマ-41,1764
非ポリマー1,93026
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7940 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area17590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.220, 135.250, 67.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18A
28I
19A
29J
110A
210K
111A
211L
112A
212M
113A
213N
114A
214O
115A
215P
116B
216C
117B
217D
118B
218E
119B
219F
120B
220G
121B
221H
122B
222I
123B
223J
124B
224K
125B
225L
126B
226M
127B
227N
128B
228O
129B
229P
130C
230D
131C
231E
132C
232F
133C
233G
134C
234H
135C
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142C
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159E
259J
160E
260K
161E
261L
162E
262M
163E
263N
164E
264O
165E
265P
166F
266G
167F
267H
168F
268I
169F
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170F
270K
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275P
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276H
177G
277I
178G
278J
179G
279K
180G
280L
181G
281M
182G
282N
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283O
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284P
185H
285I
186H
286J
187H
287K
188H
288L
189H
289M
190H
290N
191H
291O
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295L
196I
296M
197I
297N
198I
298O
199I
299P
1100J
2100K
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2101L
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2102M
1103J
2103N
1104J
2104O
1105J
2105P
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2107M
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2109O
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1111L
2111M
1112L
2112N
1113L
2113O
1114L
2114P
1115M
2115N
1116M
2116O
1117M
2117P
1118N
2118O
1119N
2119P
1120O
2120P

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSPROPROAA22 - 1124 - 94
21LYSLYSPROPROBB22 - 1124 - 94
12LYSLYSPROPROAA22 - 1124 - 94
22LYSLYSPROPROCC22 - 1124 - 94
13LYSLYSPROPROAA22 - 1124 - 94
23LYSLYSPROPRODD22 - 1124 - 94
14LYSLYSPROPROAA22 - 1124 - 94
24LYSLYSPROPROEE22 - 1124 - 94
15LYSLYSPROPROAA22 - 1124 - 94
25LYSLYSPROPROFF22 - 1124 - 94
16LYSLYSPROPROAA22 - 1124 - 94
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17LYSLYSPROPROAA22 - 1124 - 94
27LYSLYSPROPROHH22 - 1124 - 94
18LYSLYSVALVALAA22 - 1114 - 93
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19LYSLYSPROPROAA22 - 1124 - 94
29LYSLYSPROPROJJ22 - 1124 - 94
110LYSLYSPROPROAA22 - 1124 - 94
210LYSLYSPROPROKK22 - 1124 - 94
111LYSLYSPROPROAA22 - 1124 - 94
211LYSLYSPROPROLL22 - 1124 - 94
112LYSLYSVALVALAA22 - 1114 - 93
212LYSLYSVALVALMM22 - 1114 - 93
113LYSLYSPROPROAA22 - 1124 - 94
213LYSLYSPROPRONN22 - 1124 - 94
114LYSLYSPROPROAA22 - 1124 - 94
214LYSLYSPROPROOO22 - 1124 - 94
115LYSLYSPROPROAA22 - 1124 - 94
215LYSLYSPROPROPP22 - 1124 - 94
116LYSLYSPROPROBB22 - 1124 - 94
216LYSLYSPROPROCC22 - 1124 - 94
117LYSLYSPROPROBB22 - 1124 - 94
217LYSLYSPROPRODD22 - 1124 - 94
118LYSLYSPROPROBB22 - 1124 - 94
218LYSLYSPROPROEE22 - 1124 - 94
119LYSLYSPROPROBB22 - 1124 - 94
219LYSLYSPROPROFF22 - 1124 - 94
120LYSLYSPROPROBB22 - 1124 - 94
220LYSLYSPROPROGG22 - 1124 - 94
121LYSLYSPROPROBB22 - 1124 - 94
221LYSLYSPROPROHH22 - 1124 - 94
122LYSLYSVALVALBB22 - 1114 - 93
222LYSLYSVALVALII22 - 1114 - 93
123LYSLYSPROPROBB22 - 1124 - 94
223LYSLYSPROPROJJ22 - 1124 - 94
124LYSLYSPROPROBB22 - 1124 - 94
224LYSLYSPROPROKK22 - 1124 - 94
125LYSLYSPROPROBB22 - 1124 - 94
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226LYSLYSVALVALMM22 - 1114 - 93
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130LYSLYSPROPROCC22 - 1124 - 94
230LYSLYSPROPRODD22 - 1124 - 94
131LYSLYSPROPROCC22 - 1124 - 94
231LYSLYSPROPROEE22 - 1124 - 94
132LYSLYSPROPROCC22 - 1124 - 94
232LYSLYSPROPROFF22 - 1124 - 94
133LYSLYSPROPROCC22 - 1124 - 94
233LYSLYSPROPROGG22 - 1124 - 94
134LYSLYSPROPROCC22 - 1124 - 94
234LYSLYSPROPROHH22 - 1124 - 94
135LYSLYSVALVALCC22 - 1114 - 93
235LYSLYSVALVALII22 - 1114 - 93
136LYSLYSPROPROCC22 - 1124 - 94
236LYSLYSPROPROJJ22 - 1124 - 94
137LYSLYSPROPROCC22 - 1124 - 94
237LYSLYSPROPROKK22 - 1124 - 94
138LYSLYSPROPROCC22 - 1124 - 94
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141LYSLYSPROPROCC22 - 1124 - 94
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142LYSLYSPROPROCC22 - 1124 - 94
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145LYSLYSPROPRODD22 - 1124 - 94
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151LYSLYSVALVALDD22 - 1114 - 93
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155LYSLYSPROPROEE22 - 1124 - 94
255LYSLYSPROPROFF22 - 1124 - 94
156LYSLYSPROPROEE22 - 1124 - 94
256LYSLYSPROPROGG22 - 1124 - 94
157LYSLYSPROPROEE22 - 1124 - 94
257LYSLYSPROPROHH22 - 1124 - 94
158LYSLYSVALVALEE22 - 1114 - 93
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159LYSLYSPROPROEE22 - 1124 - 94
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161LYSLYSPROPROEE22 - 1124 - 94
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262LYSLYSVALVALMM22 - 1114 - 93
163LYSLYSPROPROEE22 - 1124 - 94
263LYSLYSPROPRONN22 - 1124 - 94
164LYSLYSPROPROEE22 - 1124 - 94
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165LYSLYSPROPROEE22 - 1124 - 94
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166LYSLYSPROPROFF22 - 1124 - 94
266LYSLYSPROPROGG22 - 1124 - 94
167LYSLYSPROPROFF22 - 1124 - 94
267LYSLYSPROPROHH22 - 1124 - 94
168LYSLYSVALVALFF22 - 1114 - 93
268LYSLYSVALVALII22 - 1114 - 93
169LYSLYSPROPROFF22 - 1124 - 94
269LYSLYSPROPROJJ22 - 1124 - 94
170LYSLYSPROPROFF22 - 1124 - 94
270LYSLYSPROPROKK22 - 1124 - 94
171LYSLYSPROPROFF22 - 1124 - 94
271LYSLYSPROPROLL22 - 1124 - 94
172LYSLYSVALVALFF22 - 1114 - 93
272LYSLYSVALVALMM22 - 1114 - 93
173LYSLYSPROPROFF22 - 1124 - 94
273LYSLYSPROPRONN22 - 1124 - 94
174LYSLYSPROPROFF22 - 1124 - 94
274LYSLYSPROPROOO22 - 1124 - 94
175LYSLYSPROPROFF22 - 1124 - 94
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280LYSLYSPROPROLL22 - 1124 - 94
181LYSLYSVALVALGG22 - 1114 - 93
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182LYSLYSPROPROGG22 - 1124 - 94
282LYSLYSPROPRONN22 - 1124 - 94
183LYSLYSPROPROGG22 - 1124 - 94
283LYSLYSPROPROOO22 - 1124 - 94
184LYSLYSPROPROGG22 - 1124 - 94
284LYSLYSPROPROPP22 - 1124 - 94
185LYSLYSVALVALHH22 - 1114 - 93
285LYSLYSVALVALII22 - 1114 - 93
186LYSLYSPROPROHH22 - 1124 - 94
286LYSLYSPROPROJJ22 - 1124 - 94
187LYSLYSPROPROHH22 - 1124 - 94
287LYSLYSPROPROKK22 - 1124 - 94
188LYSLYSPROPROHH22 - 1124 - 94
288LYSLYSPROPROLL22 - 1124 - 94
189LYSLYSVALVALHH22 - 1114 - 93
289LYSLYSVALVALMM22 - 1114 - 93
190LYSLYSPROPROHH22 - 1124 - 94
290LYSLYSPROPRONN22 - 1124 - 94
191LYSLYSPROPROHH22 - 1124 - 94
291LYSLYSPROPROOO22 - 1124 - 94
192LYSLYSPROPROHH22 - 1124 - 94
292LYSLYSPROPROPP22 - 1124 - 94
193LYSLYSVALVALII22 - 1114 - 93
293LYSLYSVALVALJJ22 - 1114 - 93
194LYSLYSVALVALII22 - 1114 - 93
294LYSLYSVALVALKK22 - 1114 - 93
195LYSLYSVALVALII22 - 1114 - 93
295LYSLYSVALVALLL22 - 1114 - 93
196ALAALAPROPROII19 - 1121 - 94
296ALAALAPROPROMM19 - 1121 - 94
197LYSLYSVALVALII22 - 1114 - 93
297LYSLYSVALVALNN22 - 1114 - 93
198LYSLYSVALVALII22 - 1114 - 93
298LYSLYSVALVALOO22 - 1114 - 93
199LYSLYSVALVALII22 - 1114 - 93
299LYSLYSVALVALPP22 - 1114 - 93
1100LYSLYSPROPROJJ22 - 1124 - 94
2100LYSLYSPROPROKK22 - 1124 - 94
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1102LYSLYSVALVALJJ22 - 1114 - 93
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1103LYSLYSPROPROJJ22 - 1124 - 94
2103LYSLYSPROPRONN22 - 1124 - 94
1104LYSLYSPROPROJJ22 - 1124 - 94
2104LYSLYSPROPROOO22 - 1124 - 94
1105LYSLYSPROPROJJ22 - 1124 - 94
2105LYSLYSPROPROPP22 - 1124 - 94
1106LYSLYSPROPROKK22 - 1124 - 94
2106LYSLYSPROPROLL22 - 1124 - 94
1107LYSLYSVALVALKK22 - 1114 - 93
2107LYSLYSVALVALMM22 - 1114 - 93
1108LYSLYSPROPROKK22 - 1124 - 94
2108LYSLYSPROPRONN22 - 1124 - 94
1109LYSLYSPROPROKK22 - 1124 - 94
2109LYSLYSPROPROOO22 - 1124 - 94
1110LYSLYSPROPROKK22 - 1124 - 94
2110LYSLYSPROPROPP22 - 1124 - 94
1111LYSLYSVALVALLL22 - 1114 - 93
2111LYSLYSVALVALMM22 - 1114 - 93
1112LYSLYSPROPROLL22 - 1124 - 94
2112LYSLYSPROPRONN22 - 1124 - 94
1113LYSLYSPROPROLL22 - 1124 - 94
2113LYSLYSPROPROOO22 - 1124 - 94
1114LYSLYSPROPROLL22 - 1124 - 94
2114LYSLYSPROPROPP22 - 1124 - 94
1115LYSLYSVALVALMM22 - 1114 - 93
2115LYSLYSVALVALNN22 - 1114 - 93
1116LYSLYSVALVALMM22 - 1114 - 93
2116LYSLYSVALVALOO22 - 1114 - 93
1117LYSLYSVALVALMM22 - 1114 - 93
2117LYSLYSVALVALPP22 - 1114 - 93
1118LYSLYSPROPRONN22 - 1124 - 94
2118LYSLYSPROPROOO22 - 1124 - 94
1119LYSLYSPROPRONN22 - 1124 - 94
2119LYSLYSPROPROPP22 - 1124 - 94
1120LYSLYSPROPROOO22 - 1124 - 94
2120LYSLYSPROPROPP22 - 1124 - 94

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
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17
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19
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59
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79
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102
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107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120

-
要素

#1: タンパク質
Potassium channel protein,Cyclic nucleotide-gated olfactory channel,Potassium channel protein / Cyclic nucleotide-gated cation channel 2 / Cyclic nucleotide-gated channel alpha-2 / CNG2


分子量: 10294.113 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711
遺伝子: BC_0669, CNGA2, CNCA, CNCA1, CNCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81HW2, UniProt: Q16280
#2: 化合物...
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / : C2H5NO2
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : K
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 40-44% MPD 100 mM MES pH 6.5 25mM Glycine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.95389 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95389 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.914
11h,-k,-l20.086
反射解像度: 2.63→67.62 Å / Num. obs: 44752 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.63→2.68 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 2175 / CC1/2: 0.54 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K0D
解像度: 2.63→67.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 8.502 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.083 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26934 2291 5.1 %RANDOM
Rwork0.23534 ---
obs0.23708 42458 84.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.784 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.56 Å20 Å26 Å2
2---18.53 Å20 Å2
3----2.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.63→67.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11672 0 68 95 11835
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01311959
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3191.64916286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2711.57327609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.96351448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.67923.234402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.617151854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg35.4781516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5294.7226017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5284.7216015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6997.0477390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.6987.0477390
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3165.0115942
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X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4717.3968897
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X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.9988.54448854
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A29950.04
12B29950.04
21A29940.04
22C29940.04
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71A30080.02
72H30080.02
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91A29870.04
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151A29920.04
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421C30040.03
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431D30030.05
432E30030.05
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451D30040.03
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662G29890.03
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722M29490.05
731F29820.03
732N29820.03
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752P29860.03
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771G29700.05
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781G29920.04
782J29920.04
791G30030.03
792K30030.03
801G29950.04
802L29950.04
811G29630.04
812M29630.04
821G29930.04
822N29930.04
831G29920.03
832O29920.03
841G29960.04
842P29960.04
851H29610.05
852I29610.05
861H29810.04
862J29810.04
871H29920.03
872K29920.03
881H29870.04
882L29870.04
891H29550.05
892M29550.05
901H29840.04
902N29840.04
911H29930.04
912O29930.04
921H29890.04
922P29890.04
931I29740.03
932J29740.03
941I29780.03
942K29780.03
951I29790.03
952L29790.03
961I30950.03
962M30950.03
971I29750.03
972N29750.03
981I29660.04
982O29660.04
991I29790.03
992P29790.03
1001J30500.04
1002K30500.04
1011J30530.03
1012L30530.03
1021J30160.04
1022M30160.04
1031J30640.02
1032N30640.02
1041J30470.04
1042O30470.04
1051J30500.03
1052P30500.03
1061K30060.02
1062L30060.02
1071K29720.03
1072M29720.03
1081K30010.03
1082N30010.03
1091K30050.03
1092O30050.03
1101K30060.02
1102P30060.02
1111L29730.03
1112M29730.03
1121L30090.02
1122N30090.02
1131L29960.04
1132O29960.04
1141L30070.01
1142P30070.01
1151M29690.04
1152N29690.04
1161M29630.03
1162O29630.03
1171M29720.03
1172P29720.03
1181N30030.03
1182O30030.03
1191N30050.02
1192P30050.02
1201O29930.04
1202P29930.04
LS精密化 シェル解像度: 2.549→2.615 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0 0 -
obs--0 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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