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- PDB-6fif: Crystal structure of the BRI1 Gly644-Asp (bri1-6) mutant from Ara... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fif
タイトルCrystal structure of the BRI1 Gly644-Asp (bri1-6) mutant from Arabidopsis thaliana.
要素Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
キーワードPROTEIN BINDING / leucine rich repeat receptor / membrane receptor / ectodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of brassinosteroid stimulus / brassinosteroid homeostasis / anther wall tapetum cell differentiation / pollen exine formation / seedling development / skotomorphogenesis / positive regulation of flower development / brassinosteroid mediated signaling pathway / leaf development / microtubule bundle formation ...detection of brassinosteroid stimulus / brassinosteroid homeostasis / anther wall tapetum cell differentiation / pollen exine formation / seedling development / skotomorphogenesis / positive regulation of flower development / brassinosteroid mediated signaling pathway / leaf development / microtubule bundle formation / response to UV-B / steroid binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / endosome membrane / endosome / protein heterodimerization activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #310 / : / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe ...Dna Ligase; domain 1 - #310 / : / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Dna Ligase; domain 1 / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Hothorn, M. / Santiago, J. / Hohmann, U.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_156920 スイス
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Mechanistic basis for the activation of plant membrane receptor kinases by SERK-family coreceptors.
著者: Hohmann, U. / Santiago, J. / Nicolet, J. / Olsson, V. / Spiga, F.M. / Hothorn, L.A. / Butenko, M.A. / Hothorn, M.
履歴
登録2018年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,81010
ポリマ－90,8571
非ポリマー2,9539
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, gel filtration, isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint46 kcal/mol
Surface area31080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.684, 67.569, 151.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1 / AtBRI1 / Brassinosteroid LRR receptor kinase


分子量: 90857.438 Da / 分子数: 1 / 変異: Gly644-Asp / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: BRI1, At4g39400, F23K16.30 / 器官: seedling / 細胞株 (発現宿主): Tnao-37 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O22476, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase

-
糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 28分子

#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 18% [w/v] PEG 4,000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M citric acid pH 4.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97963 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97963 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→19.89 Å / Num. obs: 39088 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 65.6 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.071 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.54→2.69 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 5972 / CC1/2: 0.78 / Rrim(I) all: 1.25 / Rsym value: 1.12 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RIZ

3riz


解像度: 2.54→19.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 30.327 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.262 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25447 1898 4.9 %RANDOM
Rwork0.20477 ---
obs0.2071 37172 98.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 87.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.21 Å20 Å21.17 Å2
2---0.77 Å2-0 Å2
3----4.56 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.54→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5572 0 193 27 5792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0195958
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9282.0268132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.089312668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3465759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.11225.683227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.08315964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8931517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2971
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021074
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1364.4732994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1334.4732993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9066.7143746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9066.7143747
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6915.2012964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6895.2012964
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.4797.7034380
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.11589.3924288
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.11589.39124289
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.542→2.606 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 112 -
Rwork0.386 2449 -
obs--89.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50561.49990.37267.15671.48911.2068-0.11990.2540.0416-0.66610.2375-0.2977-0.33280.2719-0.11770.3497-0.0057-0.06020.41230.00880.1603-0.389546.7038-17.7747
26.71980.3391-0.50051.8844-0.67491.5677-0.0228-0.9507-0.92180.10380.24690.26370.3041-0.2883-0.22410.3002-0.0099-0.15160.46810.15540.2852-19.376515.3825-6.3406
34.225-1.6221.88312.0958-0.6624.3849-0.1931-0.97150.13670.30460.2955-0.2175-1.088-0.5602-0.10230.48190.15270.03260.91210.03010.0345-49.35735.0823-9.5872
411.5434-5.4591.81278.7708-6.25064.99350.24870.2141-0.5086-0.3129-0.04470.29580.2407-0.0318-0.2040.72860.1095-0.0880.88620.10750.3568-46.418824.34-22.3122
55.08450.8030.92993.63420.09828.129-0.0201-0.25380.00780.08830.1242-0.2742-0.6846-0.2172-0.10420.47450.10550.07690.47610.08310.0509-52.482139.9609-38.7905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2A222 - 416
3X-RAY DIFFRACTION3A417 - 588
4X-RAY DIFFRACTION4A589 - 635
5X-RAY DIFFRACTION5A636 - 772

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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