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- PDB-6fd3: Thiophosphorylated PAK3 kinase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fd3
タイトルThiophosphorylated PAK3 kinase domain
要素Serine/threonine-protein kinase PAK 3
キーワードTRANSFERASE / kinase / thiophosphorylation / complex / ADP / phosphorylated
機能・相同性
機能・相同性情報


signal transduction => GO:0007165 / small GTPase binding => GO:0031267 / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of actin filament polymerization / dendritic spine morphogenesis / positive regulation of fibroblast migration / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of RAC1 / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling ...signal transduction => GO:0007165 / small GTPase binding => GO:0031267 / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of actin filament polymerization / dendritic spine morphogenesis / positive regulation of fibroblast migration / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of RAC1 / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / positive regulation of DNA biosynthetic process / regulation of axonogenesis / activation of protein kinase activity / dendrite development / RHO GTPases activate PAKs / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / cellular response to organic cyclic compound / Generation of second messenger molecules / ephrin receptor signaling pathway / T cell costimulation / CD209 (DC-SIGN) signaling / axonogenesis / VEGFR2 mediated vascular permeability / synapse organization / MAPK6/MAPK4 signaling / SH3 domain binding / positive regulation of neuron apoptotic process / T cell receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
p21-activated kinase 3, catalytic domain / p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...p21-activated kinase 3, catalytic domain / p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Serine/threonine-protein kinase PAK 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Wang, D. / von Delft, F. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Solution structures and biophysical analysis of full-length group A PAKs reveal they are monomeric and auto-inhibited incis.
著者: Sorrell, F.J. / Kilian, L.M. / Elkins, J.M.
履歴
登録2017年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PAK 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3306
ポリマ－33,7301
非ポリマー6005
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.825, 108.825, 57.934
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PAK 3 / Beta-PAK / Oligophrenin-3 / p21-activated kinase 3 / PAK-3


分子量: 33729.734 Da / 分子数: 1 / 変異: A537D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK3, OPHN3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O75914, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M magnesium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→54.412 Å / Num. obs: 52114 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
1.52-1.566.31.5538020.5130.671.692
6.8-54.46.20.0276140.9990.0120.029

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.52 Å54.41 Å
Translation1.52 Å54.41 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3q4z (chain A)

3q4z


解像度: 1.52→54.412 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1904 2627 5.09 %
Rwork0.1751 49002 -
obs0.1759 51629 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.81 Å2 / Biso mean: 29.0289 Å2 / Biso min: 12.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.52→54.412 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2305 0 37 276 2618
Biso mean--24.19 39.5 -
残基数----297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9563376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0962071
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5198-1.54740.33831460.33142446259296
1.5474-1.57720.39011250.31012541266697
1.5772-1.60940.31881250.30362527265297
1.6094-1.64440.26841410.27932553269498
1.6444-1.68270.27721170.2682545266298
1.6827-1.72470.29351330.24162546267998
1.7247-1.77140.25451200.22472572269299
1.7714-1.82350.25251450.2092579272499
1.8235-1.88240.2221470.20492568271599
1.8824-1.94960.2141560.181325772733100
1.9496-2.02770.21551220.165326092731100
2.0277-2.120.19241760.162125692745100
2.12-2.23180.17221330.157926102743100
2.2318-2.37160.20561380.157525992737100
2.3716-2.55470.18021340.166225932727100
2.5547-2.81180.18261320.157626242756100
2.8118-3.21860.17441480.160626232771100
3.2186-4.05490.14251340.150826332767100
4.0549-54.44740.16761550.16226882843100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1153-2.2883-1.68876.48311.64727.2445-0.19760.8004-0.3936-0.89960.11690.5271.2247-0.76640.10.705-0.0996-0.07290.65090.01410.4041-5.443584.2691-22.4741
22.93080.5951-1.12026.2935-0.73117.38140.12040.89120.1235-1.12950.12270.1284-0.23980.2393-0.27620.61930.0483-0.00780.4690.00960.19350.779191.433-23.4836
38.66822.42730.89045.1249-1.07176.61770.34851.25870.0706-1.03330.2488-0.5230.19310.2775-0.52430.63810.06690.13040.4598-0.0540.329110.170596.0539-22.1984
43.33181.34360.0093.2042-0.03331.7944-0.15860.2524-0.3091-0.10890.0372-0.34010.27890.18620.11640.25730.0150.10540.2324-0.01460.261718.278693.3144-10.8596
53.389-1.45532.65264.9901-4.25878.63570.56830.5798-0.7295-1.290.2589-0.10941.33090.0245-0.73770.66670.00340.07620.347-0.11430.40677.753983.9377-15.5604
64.678-0.1813-5.44468.55495.32069.38490.16270.7035-0.9545-0.3197-0.537-0.11460.886-0.68540.27480.5169-0.02290.0090.2803-0.01750.2798-0.822883.4349-12.9378
70.96750.84080.73756.31764.44896.9956-0.0890.3539-0.0619-0.7071-0.1005-0.34070.0842-0.24160.12540.31790.02170.09260.29740.0120.23850.93798.9828-9.2115
83.4094-1.04930.53384.04173.86954.5161-0.09050.5986-0.2566-0.58070.0835-0.38710.617-0.0338-0.08980.4395-0.01750.13250.2744-0.04220.23228.862194.9025-14.6156
91.41710.14050.1681.895-0.06091.24690.004-0.08-0.01770.20550.0283-0.1246-0.07330.1061-0.02920.16710.00630.00140.13490.010.14484.373196.15565.4764
106.98594.01794.93565.45194.03436.2176-0.03450.1049-0.0709-0.03640.0712-0.3039-0.20330.128-0.00440.1444-0.0030.01990.15720.03350.17388.104396.04041.8103
112.3761-3.31750.42186.54990.73911.24420.12920.2507-0.2599-0.1689-0.10370.54890.0671-0.1858-0.0480.1938-0.0052-0.02090.21240.01310.1991-11.421690.2449-6.7689
121.51330.37750.26892.8005-0.28810.80450.0608-0.0749-0.12610.21210.0140.0860.0233-0.046-0.08550.18190.00990.0150.15260.03250.1687-4.184482.29767.9611
135.75570.20964.63252.661.93554.89590.2607-0.5882-0.49751.22670.51180.24680.3013-0.3329-0.63020.54820.05150.0070.3560.07830.2605-1.903683.492222.3133
141.9580.41741.29973.32360.19083.9930.0088-0.329-0.03520.6479-0.00510.3225-0.0248-0.30860.01920.31080.03940.1160.22020.00270.1995-7.272395.905816.877
155.6219-0.3713-1.04794.96210.7184.2013-0.0362-0.21280.00890.2825-0.0093-0.5318-0.01260.39260.0080.2402-0.0401-0.07450.228-0.00240.212616.284497.31512.7471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 260:265)A260 - 265
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 266:272)A266 - 272
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 273:279)A273 - 279
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 280:312)A280 - 312
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 313:317)A313 - 317
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 318:324)A318 - 324
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 325:339)A325 - 339
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 340:354)A340 - 354
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 355:405)A355 - 405
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 406:422)A406 - 422
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 423:437)A423 - 437
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 438:492)A438 - 492
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 493:501)A493 - 501
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 502:535)A502 - 535
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 536:556)A536 - 556

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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