[日本語] English
万見
- PDB-6fc5: Bik1 CAP-Gly domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fc5
タイトルBik1 CAP-Gly domain
要素Microtubule-associated protein
キーワードCELL CYCLE / +TIP / CAP-Gly / microtubule / yeast
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to mitotic spindle pole body / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / 2-micrometer plasmid partitioning / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle elongation / sister chromatid segregation / cell tip / microtubule plus-end / microtubule nucleation / mating projection tip ...protein localization to mitotic spindle pole body / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / 2-micrometer plasmid partitioning / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle elongation / sister chromatid segregation / cell tip / microtubule plus-end / microtubule nucleation / mating projection tip / spindle pole body / microtubule associated complex / negative regulation of microtubule polymerization / establishment of mitotic spindle orientation / kinesin binding / spindle microtubule / kinetochore / spindle / cell cortex / microtubule binding / cell division
類似検索 - 分子機能
CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nuclear fusion protein BIK1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Kumar, A. / Stangier, M.M. / Steinmetz, M.O.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_166608 スイス
SystemsX.chRTD-TubeX スイス
Marie CurieCOFUND fellowship スイス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structure-Function Relationship of the Bik1-Bim1 Complex.
著者: Stangier, M.M. / Kumar, A. / Chen, X. / Farcas, A.M. / Barral, Y. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2017年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3571
ポリマ－11,3571
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.663, 53.663, 61.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated protein


分子量: 11357.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GPMDRYQRKIGCFIQIPNLGRGQLKYVGPVDTKAGMFAGVDLLANIGKNDGSFMGKKYFQTE YPQSGLFIQLQKVASLIEKASISQTSRRTTMEPLSIPKNR
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BIK1, SCKG_5419 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A250WN99, UniProt: P11709*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 1.0 M sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→40.4 Å / Num. obs: 7731 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 25 % / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→40.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.737 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.122
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1966 769 10 %RANDOM
Rwork0.1669 ---
obs0.1698 6923 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.45 Å2 / Biso mean: 34.056 Å2 / Biso min: 16.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----1.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→40.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数650 0 0 48 698
Biso mean---40.59 -
残基数----84
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.019662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8711.977885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08631488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.965583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.11324.64328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.52815123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.877153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02132
LS精密化 シェル解像度: 1.883→1.931 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 54 -
Rwork0.259 491 -
all-545 -
obs--97.32 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る