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- PDB-6fbu: Crystal structure of the DNA repair enzyme endonuclease-VIII (Nei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fbu
タイトルCrystal structure of the DNA repair enzyme endonuclease-VIII (Nei) from E. coli (E2Q) in complex with AP-site containing DNA substrate
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
  • Endonuclease 8
キーワードHYDROLASE / Endonuclease-VIII / Nei / DNA Repair Enzyme / Covalent Intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidized pyrimidine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease VIII / Nei, N-terminal / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain ...Endonuclease VIII / Nei, N-terminal / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / Endonuclease 8
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pomyalov, S. / Lansky, S. / Golan, G. / Zharkov, D.O. / Grollman, A.P. / Shoham, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the DNA repair enzyme endonuclease-VIII (Nei) from E. coli (E2Q) in complex with AP-site containing DNA substrate
著者: Pomyalov, S. / Lansky, S. / Golan, G. / Zharkov, D.O. / Grollman, A.P. / Shoham, G.
履歴
登録2017年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease 8
B: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0498
ポリマ－37,6363
非ポリマー4135
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.340, 75.340, 164.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-590-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Endonuclease 8 / DNA glycosylase/AP lyase Nei / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase Nei / Endonuclease VIII


分子量: 29814.010 Da / 分子数: 1 / 変異: E2Q, P34T, T112R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: nei, b0714, JW0704 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P50465, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*G)-3')


分子量: 3958.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3')


分子量: 3863.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 210分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH / PH範囲: 4.6-5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1.102 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.102 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20.73 Å / Num. obs: 32845 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2385 / CC1/2: 0.803 / Rpim(I) all: 0.347 / Rrim(I) all: 0.866 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
pointless1.10.25データスケーリング
Coot0.8.2モデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OQ4

2oq4


解像度: 2→20.251 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 1999 6.1 %
Rwork0.2409 --
obs0.2434 32770 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20.251 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2040 502 20 212 2774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0653743
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0281997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.355416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006400
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.31431400.28042159X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10530.28331410.27482167X-RAY DIFFRACTION100
2.1053-2.16720.29371380.25232140X-RAY DIFFRACTION100
2.1672-2.23710.30611410.25622153X-RAY DIFFRACTION100
2.2371-2.31690.3111420.25242180X-RAY DIFFRACTION100
2.3169-2.40960.30931390.2662157X-RAY DIFFRACTION100
2.4096-2.5190.34811430.28132186X-RAY DIFFRACTION100
2.519-2.65160.32071410.27122175X-RAY DIFFRACTION100
2.6516-2.81730.33571430.26852182X-RAY DIFFRACTION100
2.8173-3.03420.31411420.26782194X-RAY DIFFRACTION100
3.0342-3.33830.33241440.25972209X-RAY DIFFRACTION100
3.3383-3.81850.26991430.22042233X-RAY DIFFRACTION100
3.8185-4.80030.2451480.21142264X-RAY DIFFRACTION100
4.8003-20.25230.22551540.21782372X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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