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万見
- PDB-6fbl: NMR Solution Structure of MINA-1(254-334) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fbl
タイトルNMR Solution Structure of MINA-1(254-334)
要素MINA-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / K homology (KH) domain / type-I KH domain / RNA recognition / GXXG loop / antiparallel three-stranded beta-sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of gene expression, epigenetic / mRNA 3'-UTR binding / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KH domain / K Homology domain, type 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Messenger RNA-binding inhibitor of apoptosis 1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsK Homology Domain
データ登録者Michel, E. / Allain, F.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation141942 スイス
引用ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2019
タイトル: MINA-1 and WAGO-4 are part of regulatory network coordinating germ cell death and RNAi in C. elegans.
著者: Sendoel, A. / Subasic, D. / Ducoli, L. / Keller, M. / Michel, E. / Kohler, I. / Singh, K.D. / Zheng, X. / Brummer, A. / Imig, J. / Kishore, S. / Wu, Y. / Kanitz, A. / Kaech, A. / Mittal, N. / ...著者: Sendoel, A. / Subasic, D. / Ducoli, L. / Keller, M. / Michel, E. / Kohler, I. / Singh, K.D. / Zheng, X. / Brummer, A. / Imig, J. / Kishore, S. / Wu, Y. / Kanitz, A. / Kaech, A. / Mittal, N. / Matia-Gonzalez, A.M. / Gerber, A.P. / Zavolan, M. / Aebersold, R. / Hall, J. / Allain, F.H. / Hengartner, M.O.
履歴
登録2017年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32019年9月18日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MINA-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6341
ポリマ－9,6341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6170 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 MINA-1


分子量: 9634.081 Da / 分子数: 1 / 断片: K homology domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: C41G7.3, CELE_C41G7.3 / プラスミド: pCFX3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q93367

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
141isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
151isotropic43D HNCA
171isotropic33D HN(CA)CB
161isotropic33D CBCA(CO)NH
191isotropic23D C(CO)NH
181isotropic23D H(CCO)NH
NMR実験の詳細Text: NULL

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] MINA-1(254-334), 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.5 mM EDTA, 95% H2O/5% D2O
Label: 13C,15N-MINA(254-334) / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMMINA-1(254-334)[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
0.5 mMEDTAnatural abundance1
試料状態イオン強度: 50 mM NaCl mM / Label: Default / pH: 5 / 圧: AMBIENT atm / 温度: 293.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5004

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
ATNOS(ATNOS) - Herrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 / 詳細: in implicit water
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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