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- PDB-6fas: Crystal structure of VAL1 B3 domain in complex with cognate DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fas
タイトルCrystal structure of VAL1 B3 domain in complex with cognate DNA
要素
  • B3 domain-containing transcription repressor VAL1
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / B3 DNA binding domain / VAL1 transcriptional regulator / epigenome reader / Complex / Specific DNA recognition / Sph/RY sequence
機能・相同性
機能・相同性情報


response to sucrose / response to abscisic acid / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. ...DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / B3 domain-containing transcription repressor VAL1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sasnauskas, G.
資金援助リトアニア, 1件
組織認可番号国
Research Council of LithuaniaMIP-106/2015リトアニア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of DNA target recognition by the B3 domain of Arabidopsis epigenome reader VAL1.
著者: Sasnauskas, G. / Kauneckaite, K. / Siksnys, V.
履歴
登録2017年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B3 domain-containing transcription repressor VAL1
B: B3 domain-containing transcription repressor VAL1
C: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4486
ポリマ－41,4486
非ポリマー00
水3,477193
1
A: B3 domain-containing transcription repressor VAL1
C: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7243
ポリマ－20,7243
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9570 Å2
手法PISA
2
B: B3 domain-containing transcription repressor VAL1
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7243
ポリマ－20,7243
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.091, 86.577, 65.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 B3 domain-containing transcription repressor VAL1 / Protein HIGH-LEVEL EXPRESSION OF SUGAR-INDUCIBLE 2 / Protein VP1/ABI3-LIKE 1


分子量: 13397.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: One cysteine forms an adduct with 2-mercaptoethanol. The resultant adduct is CME S,S-(2-HYDROXYETHYL)THIOCYSTEINE
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: VAL1, HSI2, At2g30470, T6B20.17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q8W4L5
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*G)-3')


分子量: 3632.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3694.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.17 M Ammonium acetate 0.085 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 25.5% w/v Polyethylene glycol 4,000 15% v/v glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.29 Å / Num. obs: 66958 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 39.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0294 / Net I/σ(I): 18.81
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Num. unique obs: 3404 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Structural models of VAL1-B3

解像度: 1.9→43.289 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.86 / 位相誤差: 23.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2166 6729 10.05 %
Rwork0.1695 --
obs0.1742 66958 97.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1710 972 0 193 2875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3224049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.811535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008356
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92160.30982170.23831999X-RAY DIFFRACTION97
1.9216-1.94420.33671680.25441992X-RAY DIFFRACTION96
1.9442-1.96790.28372090.23882043X-RAY DIFFRACTION97
1.9679-1.99280.27532220.22492012X-RAY DIFFRACTION96
1.9928-2.0190.24062140.20942004X-RAY DIFFRACTION97
2.019-2.04670.29012170.21161966X-RAY DIFFRACTION96
2.0467-2.07590.27882230.20571989X-RAY DIFFRACTION97
2.0759-2.10690.25062570.19242028X-RAY DIFFRACTION97
2.1069-2.13980.26312530.19481919X-RAY DIFFRACTION97
2.1398-2.17490.26232390.1892001X-RAY DIFFRACTION96
2.1749-2.21240.26262240.17152019X-RAY DIFFRACTION97
2.2124-2.25270.24262210.17591978X-RAY DIFFRACTION97
2.2527-2.2960.24542050.18181959X-RAY DIFFRACTION97
2.296-2.34280.29111990.18392106X-RAY DIFFRACTION98
2.3428-2.39380.23032490.1771987X-RAY DIFFRACTION97
2.3938-2.44950.24652420.17791970X-RAY DIFFRACTION97
2.4495-2.51070.27162090.18672107X-RAY DIFFRACTION98
2.5107-2.57860.27792240.1941956X-RAY DIFFRACTION98
2.5786-2.65450.24432210.18952064X-RAY DIFFRACTION98
2.6545-2.74010.24992210.19481999X-RAY DIFFRACTION98
2.7401-2.8380.26722360.18721994X-RAY DIFFRACTION96
2.838-2.95160.22522280.18092006X-RAY DIFFRACTION98
2.9516-3.08590.24452490.19552060X-RAY DIFFRACTION99
3.0859-3.24860.22992240.17611943X-RAY DIFFRACTION97
3.2486-3.45210.21222300.17361977X-RAY DIFFRACTION95
3.4521-3.71850.21081980.14942009X-RAY DIFFRACTION97
3.7185-4.09240.18812240.15042028X-RAY DIFFRACTION98
4.0924-4.6840.16412260.1372048X-RAY DIFFRACTION99
4.684-5.89890.16542120.13982067X-RAY DIFFRACTION99
5.8989-43.29970.18962680.171999X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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