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- PDB-6f9q: Binary complex of a 7S-cis-cis-nepetalactol cyclase from Nepeta m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f9q
タイトルBinary complex of a 7S-cis-cis-nepetalactol cyclase from Nepeta mussinii with NAD+
要素7S-cis-cis-nepetalactol cyclase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / IRIDOID / NATURAL PRODUCT / BIOSYNTHESIS / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE / CYCLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


(+)-cis,cis-nepetalactol synthase / isomerase activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / (+)-cis,cis-nepetalactol synthase NEPS3
類似検索 - 構成要素
生物種Nepeta racemosa (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lichman, B.R. / Kamileen, M.O. / Titchiner, G. / Saalbach, G. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / O'Connor, S.E.
資金援助 米国, 英国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)IOS-1444499 米国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L014130/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P012523/1 英国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Uncoupled activation and cyclization in catmint reductive terpenoid biosynthesis.
著者: Lichman, B.R. / Kamileen, M.O. / Titchiner, G.R. / Saalbach, G. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / O'Connor, S.E.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 7S-cis-cis-nepetalactol cyclase
B: 7S-cis-cis-nepetalactol cyclase
C: 7S-cis-cis-nepetalactol cyclase
D: 7S-cis-cis-nepetalactol cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,24612
ポリマ－113,4514
非ポリマー2,7968
水18,9161050
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18390 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area31780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.921, 107.750, 69.361
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEAA9 - 26511 - 267
21PHEPHEBB9 - 26511 - 267
12PROPROAA9 - 26411 - 266
22PROPROCC9 - 26411 - 266
13PROPROAA9 - 26411 - 266
23PROPRODD9 - 26411 - 266
14PROPROBB9 - 26411 - 266
24PROPROCC9 - 26411 - 266
15PROPROBB9 - 26411 - 266
25PROPRODD9 - 26411 - 266
16PHEPHECC9 - 26511 - 267
26PHEPHEDD9 - 26511 - 267

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
7S-cis-cis-nepetalactol cyclase


分子量: 28362.721 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The source organism is alos referred to as Nepeta racemosa with taxonomy ID 54731
由来: (組換発現) Nepeta racemosa (植物) / プラスミド: POPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): SOLU
参照: UniProt: A0A3Q8GLE8*PLUS, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1050 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: NULL / PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→47.16 Å / Num. obs: 175909 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.4-1.426.91.56486100.5610.6371.6997
7.67-47.166.40.03611220.9980.0150.03999.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS2016-11-01データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BGK

2bgk


解像度: 1.4→47.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 2.272 / SU ML: 0.045 / SU R Cruickshank DPI: 0.0578 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.057
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1682 8822 5 %RANDOM
Rwork0.1505 ---
obs0.1513 167049 98.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.15 Å2 / Biso mean: 18.4 Å2 / Biso min: 10.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20 Å20.02 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→47.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7529 0 184 1109 8822
Biso mean--14.56 30.52 -
残基数----1032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198407
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0197982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.98411458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.945318510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.60151144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.91927.167240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.61151242
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021762
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A167060.05
12B167060.05
21A165840.05
22C165840.05
31A166360.05
32D166360.05
41B166560.05
42C166560.05
51B167600.04
52D167600.04
61C166720.06
62D166720.06
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 614 -
Rwork0.276 12207 -
all-12821 -
obs--96.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
117.56273.1818-0.18782.58812.61473.61270.0717-0.9139-0.40730.4386-0.18270.03340.3711-0.12210.1110.39870.13170.05570.19290.05220.1425.159-16.82111.246
21.09170.2282-0.1061.7668-0.7061.52380.0293-0.13280.02790.20990.0407-0.1146-0.1160.1016-0.070.05640.0042-0.01390.0354-0.01680.021314.529-3.3065.047
30.5233-0.02680.03751.121-0.11420.7084-0.01280.00630.02890.00540.03780.0173-0.09170.0058-0.0250.0371-0.00920.00690.034-0.00070.00366.714-2.36-10.726
41.3262-0.6341-0.12350.97360.23220.71730.01570.01780.1087-0.0464-0.0220.02-0.1089-0.05670.00630.0467-0.00880.00460.02-0.00270.0186-6.902-5.169-3.937
52.41320.122-0.34053.17462.07063.58420.0385-0.24320.00230.34320.058-0.16180.04810.1781-0.09650.09590.00240.00270.03860.0060.0236-10.65-25.826.946
61.222-0.57490.14892.7485-0.0481.0473-0.0212-0.1599-0.19070.41660.12320.20860.1555-0.15-0.1020.1287-0.00380.03580.03920.04080.0578-20.542-33.7894.607
70.31410.1440.04410.80680.16681.0152-0.00210.0053-0.00890.02510.0020.0410.0796-0.04010.00010.01990.00360.00650.0110.00710.0083-17.843-24.403-9.353
81.2711-0.6263-0.42811.08430.0940.52440.0020.0434-0.1128-0.0683-0.0242-0.00890.12770.02810.02220.05960.0087-0.00070.0212-0.00240.0194-0.82-28.066-8.121
913.92698.34692.02768.3147-3.28529.4577-0.74240.34351.5369-0.53840.66230.8274-1.1615-0.50340.08010.5093-0.02250.02230.15690.0090.1983-12.205-12.746-52.114
100.38250.1408-0.0440.5231-0.07551.90190.00910.0802-0.0502-0.09170.01530.07220.1138-0.1669-0.02430.0525-0.0018-0.01390.0455-0.00480.0286-24.396-23.791-37.668
111.3486-0.1656-0.54030.81780.17190.94080.04880.06880.0848-0.0478-0.01940.0363-0.032-0.1051-0.02940.0467-0.00010.00280.02670.00510.0083-17.842-16.597-28.918
120.6341-0.7255-0.19652.1780.58271.213-0.0176-0.01960.03070.07140.00830.113-0.1047-0.12960.00930.04120.0040.0090.04730.01020.0233-16.233-5.833-31.515
131.9531-4.23853.253428.0674-5.12995.68120.10410.0904-0.164-1.33140.12590.80090.0992-0.0221-0.230.16-0.1285-0.00640.66780.01120.0785-6.851-1.54-50.826
140.7240.0560.13940.3667-0.18691.03840.01680.0480.0264-0.05260.0135-0.0336-0.0550.0899-0.03040.069-0.00790.02460.03250.00040.01227.0950.72-35.308
1511.20458.5876-0.78847.4020.112.3458-0.34130.9523-0.7245-0.35980.4533-0.767-0.05130.0684-0.11210.13410.06170.04970.28350.00840.179615.061-21.384-35.483
160.7893-0.4976-0.20272.39250.06721.1623-0.0029-0.022-0.0348-0.0168-0.0109-0.14620.09260.09670.01380.0492-0.00550.01530.02680.00530.0227-0.173-14.041-35.716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2A14 - 93
3X-RAY DIFFRACTION3A94 - 212
4X-RAY DIFFRACTION4A213 - 265
5X-RAY DIFFRACTION5B9 - 39
6X-RAY DIFFRACTION6B40 - 78
7X-RAY DIFFRACTION7B79 - 196
8X-RAY DIFFRACTION8B197 - 265
9X-RAY DIFFRACTION9C7 - 14
10X-RAY DIFFRACTION10C15 - 142
11X-RAY DIFFRACTION11C143 - 213
12X-RAY DIFFRACTION12C214 - 266
13X-RAY DIFFRACTION13D9 - 14
14X-RAY DIFFRACTION14D15 - 203
15X-RAY DIFFRACTION15D204 - 221
16X-RAY DIFFRACTION16D222 - 266

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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