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万見
- PDB-6f9a: Solution structure of the MRH domain of Yos9 complexed with alpha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f9a
タイトルSolution structure of the MRH domain of Yos9 complexed with alpha3,alpha6-Man5
要素ER quality-control lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / MRH domain / beta barrel / lectin
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Kniss, A. / Kazemi, S. / Lohr, F. / Guntert, P. / Dotsch, V.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of the MRH domain of Yos9 complexed with alpha3,alpha6-Man5
著者: Berger, M. / Kniss, A.
履歴
登録2017年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ER quality-control lectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3291
ポリマ－18,3291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 ER quality-control lectin


分子量: 18328.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YOS9, SCKG_0443 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A250W9K2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic23D 1H-15N NOESY
121isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
131isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
141isotropic32D 1H-15N HSQC
151isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
161isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
171isotropic23D HN(CA)CB
181isotropic13D HNCO
191isotropic23D HN(COCA)CB
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D 1H TOCSY
1121isotropic13D 13C TOCSY
1131isotropic22D(HB)CB(CGCD)HD
1141isotropic22D (H)CB(CGCC)H TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.55 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] MRH domain of Yos9, 8.25 mM alpha3,alpha6-Man5, 95% H2O/5% D2O25 mM HEPES, pH 7.0, 50 mM NaCl, 8.25 mM alpha3,alpha6-Man5, PIC, NaN3, DSS, 5% D2O13C_15N_sample95% H2O/5% D2O
solution21 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] MRH domain of Yos9, 15 mM alpha3,alpha6-Man5, 95% H2O/5% D2O25 mM HEPES, pH 7.0, 50 mM NaCl, 15 mM alpha3,alpha6-Man5, PIC, NaN3, DSS, 5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.55 mMMRH domain of Yos9[U-98% 13C; U-98% 15N]1
8.25 mMalpha3,alpha6-Man5natural abundance1
1 mMMRH domain of Yos9[U-98% 13C; U-98% 15N]2
15 mMalpha3,alpha6-Man5natural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: AMBIENT bar / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.13Goddardchemical shift assignment
CYANA3.9Guntert, P.structure calculation
OPALLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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