PDB-6f75: Carboxypeptidase T mutant L254N with Sulphamoil Leucine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f75

タイトル

Carboxypeptidase T mutant L254N with Sulphamoil Leucine

要素

Carboxypeptidase T

キーワード

HYDROLASE / PEPTIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxypeptidase T / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Carboxypeptidase T mutant L254N with Sulphamoil Leucine
著者: Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P.

履歴

登録	2017年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f75.cif.gz	151.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f75.ent.gz	125.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f75_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f75_full_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示
XML形式データ	6f75_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	6f75_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/6f75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/6f75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6sn6-d 6q4l-d 6f6q-d 3qnv-d 6go2-d 6f79-d 6z28-d 7aru-d 3v7z-d 6d36-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Carboxypeptidase T

ヘテロ分子

37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.930, 158.930, 105.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-671- HOH
2	1	A-680- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carboxypeptidase T 分子量: 36642.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) 遺伝子: cpt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29068, carboxypeptidase T

-
非ポリマー , 5種, 336分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-LU0 / Sulphamoil Leucine 分子量: 210.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄N₂O₄S
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 296 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: 1,4 SA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→29.12 Å / Num. obs: 59832 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 9.4 % / Net I/σ(I): 4.2538
反射シェル	解像度: 1.89→1.939 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.89→29.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 4.584 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18114	3095	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1562	-	-	-
obs	0.15744	59832	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.438 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.89→29.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2581	0	28	328	2937

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.385	1.939	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.002	3	5307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.644	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.11	24.38	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.069	15	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.889	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3055
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	578
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.19	1.799	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.185	1.795	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.494	2.696	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.496	2.7	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.72	1.979	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.664	1.969	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.964	2.871	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.471	22.035	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.131	21.586	3162
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.104	3	4967
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	20.286	5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.46	5	5003

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	226	-
R_work	0.287	4335	-
obs	-	-	100 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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