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万見
- PDB-6f5t: Crystal Structure of KDM4D with tetrazole ligand GF057 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f5t
タイトルCrystal Structure of KDM4D with tetrazole ligand GF057
要素Lysine-specific demethylase 4D
キーワードOXIDOREDUCTASE / KDM4D / ligand binding / ligand optimization / drug development / tetrazole / inhibitor design / cancer / epigenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chromatin binding / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / cellular response to ionizing radiation / regulation of protein phosphorylation / double-strand break repair via homologous recombination ...positive regulation of chromatin binding / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / cellular response to ionizing radiation / regulation of protein phosphorylation / double-strand break repair via homologous recombination / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / site of double-strand break / regulation of gene expression / damaged DNA binding / blood microparticle / chromatin remodeling / inflammatory response / chromatin / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls ...JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CQK / NICKEL (II) ION / Lysine-specific demethylase 4D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Link, A. / Weiss, M.S. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of KDM4D with tetrazole ligand
著者: Malecki, P.H. / Link, A. / Weiss, M.S. / Heinemann, U.
履歴
登録2017年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,47013
ポリマ－38,0931
非ポリマー1,37712
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area15460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.213, 72.213, 152.078
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-770-

HOH

21A-811-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 4D / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3D / Jumonji domain-containing protein 2D


分子量: 38093.156 Da / 分子数: 1 / 断片: JMJD2D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4D, JHDM3D, JMJD2D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q6B0I6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6B0I6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

-
非ポリマー , 7種, 336分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-CQK / ~{N}-oxidanyl-4-(2~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)pyridine-2-carboxamide


分子量: 206.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6N6O2
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 100mM HEPES, 180mM ammonium sulphate, 24% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月6日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→48.407 Å / Num. obs: 104082 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.822 % / Biso Wilson estimate: 25.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.336 / Net I/σ(I): 10.31
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.58-1.673.8372.730.51167340.2463.15997.8
1.67-1.793.8181.2411.07159820.5291.43999.7
1.79-1.933.6960.6072.2147630.7970.70698.7
1.93-2.123.9440.34.66136480.9420.34699.4
2.12-2.373.7150.1718.35121910.9750.19998.1
2.37-2.733.9320.09114.8108610.9930.10599.1
2.73-3.343.7790.05224.7590940.9970.0698
3.34-4.713.8170.0340.4669850.9990.03497.2
4.71-48.4073.960.02247.4438240.9990.02596.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ETS

4ets


解像度: 1.58→48.407 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.88 / 位相誤差: 22.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1982 2101 2.02 %
Rwork0.1784 --
obs0.1788 103813 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.44 Å2 / Biso mean: 31.8763 Å2 / Biso min: 15.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→48.407 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2687 0 79 334 3100
Biso mean--56.25 38.34 -
残基数----330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3394003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6671750
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.58-1.61680.4081390.47686625676496
1.6168-1.65720.33051430.338368556998100
1.6572-1.7020.33691420.314168797021100
1.702-1.75210.28041400.281368286968100
1.7521-1.80860.31171430.26086853699699
1.8086-1.87330.29281400.23696735687598
1.8733-1.94830.28511400.26526825696599
1.9483-2.0370.21921370.20146854699199
2.037-2.14430.21031440.17626801694599
2.1443-2.27870.22791380.18446784692298
2.2787-2.45460.15131380.15836700683897
2.4546-2.70160.21181410.14968496990100
2.7016-3.09250.14941390.15426805694499
3.0925-3.8960.16081350.14496610674596
3.896-48.42930.17081420.15316709685197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92430.22270.25632.6691-0.52161.6183-0.11660.01510.10180.18220.0498-0.3115-0.20090.24250.08340.17290.00790.02730.2339-0.03210.21975.3141-1.5168-18.6034
22.5677-0.76312.01412.1114-0.16813.41250.01230.1347-0.1693-0.00680.0057-0.17350.2940.2289-0.02880.23220.00820.02620.1732-0.02880.23961.1603-23.6936-23.1407
30.8383-0.8412-0.29691.0978-0.01060.7686-0.1573-0.11680.09260.27440.1434-0.088-0.02980.0620.01290.23420.0265-0.01280.2341-0.00360.2066-2.0299-5.5319-10.4028
40.87290.09240.71251.68240.7652.1887-0.04410.0284-0.0248-0.01-0.00020.09630.0631-0.09980.04650.148-0.01490.02850.15230.01150.1448-6.3387-7.5965-24.7524
54.25073.03890.94683.93312.70332.16190.2115-0.1738-0.47450.7437-0.3379-0.22810.4018-0.13430.18910.29240.01590.00660.22650.02850.233-16.2573-0.6785-14.2704
63.0494-0.57191.41125.98230.87444.0775-0.2664-0.1863-0.27690.36630.15390.25590.1896-0.31880.13430.21140.00550.06220.22510.01750.1807-23.0992-0.5171-9.212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 82 )A11 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 131 )A83 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 132 through 194 )A132 - 194
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 195 through 297 )A195 - 297
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 298 through 320 )A298 - 320
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 321 through 340 )A321 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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