PDB-6f4g: 'Crystal structure of the Drosophila melanogaster SNF/U2A'/U2-SL4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f4g

タイトル

'Crystal structure of the Drosophila melanogaster SNF/U2A'/U2-SL4 complex

要素

Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
U1 small nuclear ribonucleoprotein A
U2-SL4

キーワード

SPLICING / SNF / RRM / Evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

primary sex determination, soma / snRNA stem-loop binding / pre-mRNA intronic pyrimidine-rich binding / mRNA Splicing - Major Pathway / female germ-line sex determination / small nuclear ribonucleoprotein complex / poly(U) RNA binding / U2 snRNP / U1 snRNP / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Weber, G. / DeKoster, G. / Holton, N. / Hall, K.B. / Wahl, M.C.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular principles underlying dual RNA specificity in the Drosophila SNF protein.
著者: Weber, G. / DeKoster, G.T. / Holton, N. / Hall, K.B. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2017年11月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6f4g.ent.gz	252.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f4g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6f4g_validation.pdf.gz	490.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f4g_full_validation.pdf.gz	493.6 KB	表示
XML形式データ	6f4g_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	6f4g_validation.cif.gz	51.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/6f4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/6f4g	HTTPS FTP

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類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

B: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

C: U2-SL4

D: Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

E: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

F: U2-SL4

ヘテロ分子

79.4 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

B: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

C: U2-SL4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.6 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

E: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

F: U2-SL4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.8 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.045, 103.914, 116.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質	Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A' 分子量: 20473.631 Da / 分子数: 2 / 変異: C19V, C68T, C119S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: U2A, CG1406 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V4Q8
#2: タンパク質	U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A / Sex determination protein snf 分子量: 11082.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: snf, D25, fs(1)1621, liz, CG4528 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43332

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 CF

#3: RNA鎖	U2-SL4 分子量: 8020.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

-
非ポリマー , 3種, 879分子

#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: batch mode 詳細: 20 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M Li2SO4 and 15 mM sarcosine as an additive

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 62952 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.78 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.64
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→47.442 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2177	2097	3.33 %
R_work	0.167	-	-
obs	0.1687	62935	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.442 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4342	1066	12	875	6295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	5803
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.398	8099
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.531	2463
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	955
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	867

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8972-1.9413	0.2917	137	0.27	3847	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9413-1.9898	0.2939	138	0.2508	4017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9898-2.0436	0.2719	137	0.2246	4036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0436-2.1038	0.2481	138	0.2092	4018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1038-2.1717	0.2983	140	0.1988	4011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1717-2.2493	0.2195	141	0.1877	4042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2493-2.3394	0.2396	136	0.1834	4022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3394-2.4458	0.2564	140	0.1727	4044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4458-2.5748	0.2076	137	0.1718	4046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5748-2.7361	0.2493	140	0.1692	4072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7361-2.9473	0.2437	143	0.1761	4056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9473-3.2438	0.2073	141	0.1672	4090	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2438-3.713	0.178	139	0.1482	4099	X-RAY DIFFRACTION	100
3.713-4.6774	0.1896	145	0.1301	4143	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6774-47.4564	0.1842	145	0.1418	4295	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0381	-0.8478	3.7626	8.1313	-1.2264	3.1857	0.2659	0.0104	-0.2716	-0.3731	0.043	0.2264	0.6532	-0.5105	-0.3035	0.4319	0.0445	0.0147	0.323	-0.1093	0.2544	-19.6523	-24.9778	-12.6377
2	0.9967	-1.2351	-1.4756	8.5416	0.9674	2.9915	0.079	0.0379	0.1238	-1.0658	-0.1488	0.0485	0.0058	0.171	0.0297	0.2612	0.0518	0.0325	0.2235	-0.0178	0.1481	-14.4913	-7.9324	-11.6412
3	5.5457	-0.7676	-0.8456	5.9743	0.1623	5.2545	0.2665	0.1012	-0.6804	-0.5184	-0.0452	0.2369	0.4383	0.1679	-0.2178	0.2671	0.0001	-0.0413	0.117	-0.0618	0.2261	-22.1861	-22.3327	-6.2663
4	2.8702	-0.5449	-0.2764	1.8243	0.2276	3.0295	-0.0001	-0.1079	-0.2711	0.0234	0.0411	-0.0633	0.2859	0.1893	-0.0247	0.1253	0.0315	-0.0127	0.1152	-0.0025	0.1547	-16.924	-15.6707	4.8001
5	5.1011	1.9892	1.6083	6.5475	-3.081	7.6146	-0.2551	-0.2073	0.1558	0.4636	0.0224	-0.3527	-0.3827	0.2162	0.2054	0.1635	0.0425	-0.0219	0.2011	-0.0424	0.1104	-16.6238	-3.5891	15.074
6	6.5381	1.1545	-2.1144	6.4563	-4.574	3.5093	0.0407	-0.4894	0.6243	1.0429	-0.2412	-0.7296	-0.91	0.8013	0.2216	0.4473	-0.0196	-0.1235	0.3566	-0.0532	0.286	-14.1231	0.4541	24.4069
7	6.3549	-0.4155	2.2178	9.2242	-1.613	7.0018	0.0921	-0.7921	-0.1839	0.6606	-0.0179	0.3765	1.3343	-0.7345	-0.1011	0.4389	-0.0356	-0.057	0.5105	0.0815	0.2009	-19.2393	-12.7822	31.3792
8	8.9182	-5.008	-0.233	5.0322	2.8585	3.4024	0.7468	0.2458	0.5486	-0.3901	-1.01	-0.4025	-1.0225	-0.9212	0.3014	0.5909	0.1438	-0.0854	0.4503	0.039	0.3482	-40.2607	7.7061	-11.3116
9	7.1811	3.4975	3.7062	6.8077	6.4358	6.9855	-0.2173	0.0292	0.3766	-0.2883	0.0547	0.3462	-0.2121	-0.1469	0.1383	0.1803	0.0001	-0.0227	0.1347	0.0131	0.1502	-29.9915	8.5187	-5.2093
10	6.5681	-2.338	-3.3777	6.6912	1.0586	4.9732	-0.1263	-0.3135	1.0088	0.0967	0.214	-0.5378	-0.3073	0.2436	-0.0648	0.1718	-0.0138	-0.0167	0.1152	-0.0285	0.1577	-19.7397	11.7665	3.3968
11	3.9609	2.4841	0.7728	3.6788	-0.9573	2.4802	0.0718	-0.0849	-0.2471	0.046	-0.0868	-0.1252	-0.1107	-0.0297	0.0062	0.1247	0.0286	0.0122	0.1308	-0.0124	0.1196	-19.6834	0.5639	-1.6515
12	8.1259	4.2197	-2.9279	4.9172	-1.9608	5.1193	-0.3249	0.2212	-0.6832	-0.7546	0.0703	-0.0312	0.4421	-0.0833	0.2205	0.1896	0.0186	-0.0368	0.1283	-0.0244	0.1761	-24.7902	-1.8396	-9.4994
13	5.965	0.6878	-2.3502	8.2782	0.2941	2.8221	0.0317	0.0772	0.3896	-0.1589	-0.0296	0.2461	-0.6577	0.299	-0.0087	0.2303	-0.0325	-0.0429	0.1356	-0.0095	0.146	-20.8469	15.8023	-5.3214
14	6.4312	3.4201	1.5999	7.2723	0.2378	7.9409	-0.2478	0.7697	-0.4449	-0.7591	0.2276	-0.0322	0.156	-0.1566	0.0487	0.1527	-0.0263	-0.0002	0.2042	-0.0319	0.1678	-28.3017	0.2918	-10.7889
15	2.8405	0.3669	-1.8609	4.9436	2.9363	3.3312	-0.1887	0.1058	-0.2741	0.1128	0.0117	0.7427	0.149	-0.6382	0.1682	0.1217	0.0229	-0.0368	0.2308	0.0257	0.2811	-35.4001	-2.1034	-3.7219
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19	7.1522	-6.0829	0.8026	5.5655	-1.5993	2.293	-0.3208	0.2325	-1.5894	0.4262	0.2111	-0.7687	0.3728	0.8123	0.0818	0.3407	0.0631	0.0172	0.5504	-0.1461	1.0259	-8.9073	15.3599	11.8947
20	2.4752	0.6526	-0.0972	3.2139	1.8806	2.6414	-0.0432	-0.1024	0.1545	-0.1416	0.1893	-0.2552	-0.2561	0.3028	-0.1288	0.213	-0.0062	0.0057	0.1898	0.0033	0.1737	-16.851	18.7301	-0.4246
21	2.6895	0.6833	0.1083	7.6134	-3.2164	6.5906	-0.1195	-0.3604	0.0205	0.733	0.0151	-0.2198	-0.2696	0.0348	0.0236	0.1754	0.0038	0.0409	0.2379	0.0001	0.1411	17.596	-10.5007	41.204
22	4.7869	0.8508	0.0062	3.8999	-0.8648	3.0107	0.0387	-0.1641	-0.1252	0.1422	0.0677	0.0994	0.142	-0.1556	-0.0957	0.1828	-0.0114	0.0342	0.1619	0.0317	0.0906	17.3248	-16.0561	34.2871
23	3.6013	0.3432	-0.8402	1.9246	0.2599	4.1304	-0.0727	0.165	-0.1743	-0.1097	0.0511	0.0595	0.1728	-0.1158	0.0137	0.119	-0.026	-0.0009	0.1014	0.0091	0.1206	19.9009	-12.5797	20.7247
24	7.0905	-0.0362	2.4502	8.373	0.8355	4.2451	-0.1768	0.239	0.1842	-0.4211	0.044	0.2022	-0.2293	-0.0967	0.1212	0.1706	-0.0274	-0.0036	0.1649	0.0308	0.1237	19.1923	-3.4351	12.1477
25	7.0207	-0.5936	-0.724	5.8153	5.6713	5.5442	-0.0474	0.4865	0.3877	-1.3543	-0.2008	0.7186	-0.6553	-1.1707	0.2557	0.4354	-0.0621	-0.1014	0.3929	0.0704	0.253	16.7573	-2.0468	1.3861
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27	9.2056	1.6746	4.3676	8.6662	6.7052	6.2536	-0.0021	0.1479	0.6215	-0.1878	-0.2462	-0.6148	-0.8833	0.6278	0.1339	0.4336	-0.1927	-0.1374	0.374	0.1054	0.471	39.3293	8.8357	39.2647
28	4.8238	1.5831	0.0136	5.6364	-0.5853	2.6316	-0.0274	0.018	0.2204	0.1094	-0.0717	0.0832	-0.4444	-0.0379	0.1185	0.2585	-0.0251	-0.009	0.1343	-0.0021	0.1549	24.0155	7.0785	27.6528
29	5.5619	-5.1617	-5.544	5.1934	6.2847	8.669	-0.227	-0.5836	-0.4824	1.0608	-0.0131	0.6096	0.3961	-0.1877	0.2499	0.3302	-0.083	-0.0498	0.2266	0.0213	0.2513	24.4316	3.1332	37.8392
30	5.1632	0.2883	-2.3601	4.3341	-0.9885	1.2424	-0.0786	-0.2548	0.7464	0.1709	0.0303	0.2769	-0.7639	-0.1949	-0.0132	0.5141	0.0376	-0.0909	0.1841	-0.0404	0.3773	23.3059	19.1013	29.8828
31	2.6255	-1.9918	-0.0503	2.2057	0.9899	1.3573	-0.1232	-0.3045	-0.3561	1.0105	0.0811	-0.0019	-0.4203	0.5946	-0.0836	0.5075	0.0081	-0.0982	0.313	0.02	0.2662	29.2258	4.2758	38.0249
32	6.8673	-1.3014	3.653	3.3351	-1.6402	5.8946	-0.0471	0.106	-0.1237	0.1565	-0.0578	-0.416	-0.1768	0.4241	0.1004	0.2129	-0.0706	-0.053	0.1589	0.0259	0.2612	33.2357	3.6242	26.1563
33	6.7149	0.1434	-0.6701	4.7718	2.3659	1.2722	0.24	-0.8203	0.4639	0.4949	-0.1655	-0.3214	-0.3608	0.5084	-0.0612	0.53	-0.182	-0.1389	0.3092	0.0087	0.3472	32.8861	10.7082	38.4528
34	2.8745	3.6653	-0.0644	5.1734	1.0432	3.6203	-0.4505	-1.629	-0.8078	-0.2384	-0.1105	1.3967	-0.1298	-0.1863	0.4357	0.4795	0.1451	-0.0288	0.7672	0.2106	1.1305	12.3846	15.5146	12.2621
35	1.8474	0.0454	1.06	2.3241	-1.1275	4.3793	-0.2292	0.107	0.5257	0.3656	0.03	0.3692	-0.9807	-0.2258	0.1515	0.5674	0.0544	-0.0456	0.2719	-0.0031	0.5061	19.6628	21.1087	24.5653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 11 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 25 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 26 through 36 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 37 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 151 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 152 through 162 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 164 through 175 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid -1 through 7 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 8 through 12 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 13 through 19 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 20 through 33 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 34 through 41 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 42 through 51 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 52 through 58 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 59 through 69 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 70 through 79 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 80 through 88 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 89 through 93 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 1 through 8 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 9 through 25 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 1 through 25 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 26 through 64 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 66 through 130 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 131 through 151 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 152 through 164 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 165 through 175 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 3 through 7 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 8 through 34 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 35 through 41 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 42 through 51 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 52 through 58 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 59 through 79 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 80 through 92 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 1 through 8 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 9 through 25 )

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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