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- PDB-6f3h: Crystal structure of Dss1 exoribonuclease active site mutant D477... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f3h
タイトルCrystal structure of Dss1 exoribonuclease active site mutant D477N from Candida glabrata
要素
  • Exoribonuclease II, mitochondrial
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*UP*AP*C)-3')
  • RNA (5'-R(P*CP*AP*CP*UP*GP*A)-3')
キーワードHYDROLASE / 3' to 5' exoribonuclease RNA degradation mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial degradosome / exoribonuclease II activity / mitochondrial RNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / P-body / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Candida glabrata strain CBS138 chromosome M complete sequence
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.703 Å
データ登録者Razew, M. / Nowak, E. / Nowotny, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Science Center Poland00463 ポーランド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural analysis of mtEXO mitochondrial RNA degradosome reveals tight coupling of nuclease and helicase components.
著者: Razew, M. / Warkocki, Z. / Taube, M. / Kolondra, A. / Czarnocki-Cieciura, M. / Nowak, E. / Labedzka-Dmoch, K. / Kawinska, A. / Piatkowski, J. / Golik, P. / Kozak, M. / Dziembowski, A. / Nowotny, M.
履歴
登録2017年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exoribonuclease II, mitochondrial
B: Exoribonuclease II, mitochondrial
C: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*UP*AP*C)-3')
D: RNA (5'-R(P*CP*AP*CP*UP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,5106
ポリマ－194,4624
非ポリマー492
水2,594144
1
A: Exoribonuclease II, mitochondrial
C: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*UP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2673
ポリマ－97,2432
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area32460 Å2
手法PISA
2
B: Exoribonuclease II, mitochondrial
D: RNA (5'-R(P*CP*AP*CP*UP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2433
ポリマ－97,2192
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area33800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.370, 83.230, 110.370
Angle α, β, γ (deg.)106.21, 106.56, 90.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Exoribonuclease II, mitochondrial


分子量: 95343.742 Da / 分子数: 2 / 変異: D477N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 69 N-terminal truncation was introduced in the full length protein
由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 株: ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65 / 遺伝子: CAGL0M07051g / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q6FJE0
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*UP*AP*C)-3')


分子量: 1899.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RNA molecule co-purified with the protein / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant: RIL
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*AP*CP*UP*GP*A)-3')


分子量: 1875.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RNA molecule co-purified with the protein / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant: RIL
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.25 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES monohydrate (pH 6.5) and 6% (w/v) PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.211 Å / Num. obs: 129398 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rrim(I) all: 0.938

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2733: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.703→29.211 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.3 / 位相誤差: 30.31 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 6670 5.16 %
Rwork0.1957 --
obs0.1986 129386 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.703→29.211 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11882 256 2 144 12284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01212414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29116952
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6317410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0642018
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082111
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7043-2.75090.43082750.36355308X-RAY DIFFRACTION81
2.7509-2.80090.35013280.33386192X-RAY DIFFRACTION95
2.8009-2.85470.34813210.3086130X-RAY DIFFRACTION95
2.8547-2.91290.37013260.31196218X-RAY DIFFRACTION95
2.9129-2.97620.34273270.29856212X-RAY DIFFRACTION95
2.9762-3.04540.323250.27836184X-RAY DIFFRACTION95
3.0454-3.12140.33253240.2696138X-RAY DIFFRACTION95
3.1214-3.20570.30053260.26026233X-RAY DIFFRACTION95
3.2057-3.29990.30053240.25076149X-RAY DIFFRACTION95
3.2999-3.40630.30323220.23756115X-RAY DIFFRACTION95
3.4063-3.52780.25483320.22116273X-RAY DIFFRACTION95
3.5278-3.66880.27293280.2096250X-RAY DIFFRACTION95
3.6688-3.83540.22253240.19916142X-RAY DIFFRACTION95
3.8354-4.03720.24373230.1846175X-RAY DIFFRACTION95
4.0372-4.28930.21973300.16296234X-RAY DIFFRACTION95
4.2893-4.61930.20123280.14356226X-RAY DIFFRACTION95
4.6193-5.08190.17733240.14246151X-RAY DIFFRACTION95
5.0819-5.81220.20513250.16936201X-RAY DIFFRACTION95
5.8122-7.30340.20863280.18076218X-RAY DIFFRACTION95
7.3034-29.0270.18483240.1476166X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.7182 Å / Origin y: 60.2468 Å / Origin z: 40.2839 Å
111213212223313233
T0.2447 Å20.026 Å20.068 Å2-0.6689 Å20.0255 Å2--0.4902 Å2
L0.4417 °2-0.0291 °20.2978 °2--0.0047 °20.04 °2--0.4534 °2
S-0.0286 Å °-0.0114 Å °-0.0151 Å °-0.0045 Å °0.0053 Å °-0.0062 Å °0.0115 Å °0.0052 Å °0.0098 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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