PDB-6f3b: Crystal structure of human carbonic anhydrase I in complex with t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f3b

タイトル

Crystal structure of human carbonic anhydrase I in complex with the 1-(2-hydroxy-5-sulfamoylphenyl)-3-[(4-methylphenyl)methyl]urea inhibitor

要素

Carbonic anhydrase 1

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Ferraroni, M. / Supuran, C.T. / Chiapponi, D. / Bozdag, M.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of 4-Hydroxy-3-(3-(phenylureido)benzenesulfonamides as SLC-0111 Analogues for the Treatment of Hypoxic Tumors Overexpressing Carbonic Anhydrase IX.
著者: Bozdag, M. / Carta, F. / Ceruso, M. / Ferraroni, M. / McDonald, P.C. / Dedhar, S. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2017年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f3b.cif.gz	128.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f3b.ent.gz	98.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/6f3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/6f3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fafC 6fagC 1jv0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xzs-2 4e3d-d 4wup-1 3rz7-d 1huh-d 4dz9-d 3v3h-d 7jnr-d 1cnx-d 4fu5-d 3mna-d 4hba-d 3czv-1 3s72-d 2fmg-d 3mwo-1 4yxi-d 4rfd-d 4q8x-d 3rz8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 1

B: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

59 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.375, 71.229, 120.871
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 1 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00915, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 526分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CJK / 1-[(4-methylphenyl)methyl]-3-(2-oxidanyl-5-sulfamoyl-phenyl)urea 分子量: 335.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₇N₃O₄S
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 28% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, Tris 100 mM

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.973 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.973 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→61.37 Å / Num. obs: 105665 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.234 % / B_iso Wilson estimate: 24.149 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 1.068 / Net I/σ(I): 10.87

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.4-1.48	4.134	0.54	2.11	16766	0.317	0.618	97.6
1.48-1.58	4.116	0.443	2.74	15881	0.646	0.509	98.6
1.58-1.71	4.254	0.322	3.91	14942	0.862	0.369	99.3
1.71-1.87	4.126	0.223	5.82	13656	0.954	0.256	98.3
1.87-2.09	4.418	0.122	10.57	12518	0.989	0.139	99.3
2.09-2.41	4.303	0.074	16.57	10927	0.995	0.084	97.7
2.41-2.95	4.449	0.05	24.66	9442	0.997	0.056	99.1
2.95-4.15	4.242	0.036	32.12	7289	0.999	0.041	97.5
4.15-61.37	4.141	0.032	35.65	4244	0.998	0.036	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS	VERSION Nov 1	データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MxCuBE		データ収集

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1jv0

1jv0

解像度: 1.4→61.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.443 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24579	5336	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20867	-	-	-
obs	0.21056	99794	98.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.911 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.78 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.63 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.4→61.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4016	0	74	517	4607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	4287
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	1.926	5848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.467	5	542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.95	24.847	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.293	15	679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.51	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.333	2.247	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.059	3.366	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.837	2.429	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.073	32.462	6831
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.44	379	-
R_work	0.44	7404	-
obs	-	-	99.55 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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