PDB-6f10: GLIC mutant D88N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f10

タイトル

GLIC mutant D88N

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Hu, H.D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2017
タイトル: Full mutational mapping of titratable residues helps to identify proton-sensors involved in the control of channel gating in the Gloeobacter violaceus pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Nemecz, A. / Hu, H. / Fourati, Z. / Van Renterghem, C. / Delarue, M. / Corringer, P.J.

履歴

登録	2017年11月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f10.cif.gz	653.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f10.ent.gz	549.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f0iC 6f0jC 6f0mC 6f0nC 6f0rC 6f0uC 6f0vC 6f0zC 6f11C 6f12C 6f13C 6f15C 6f16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hfh-d 6hy5-d 6f0u-d 3uu6-d 3uu5-d 4il4-d 4qh1-d 4ila-d 6hzw-d 6hj3-d 5l4e-d 2xq7-d 3uub-1 6hjz-2 6f12-d 6f0m-d 6f0j-d 6f0r-d 6hjb-d 6hji-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

186 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.370, 134.810, 160.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36233.711 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア) 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#5: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 61分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 100 mM NaAcetate pH4 400 mM NaSCN 12-15% PEG4000 15% glycerol 3%DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→48.4 Å / Num. obs: 87226 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 84.65 Å² / Net I/σ(I): 26.4
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.85→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9344 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9281 / SU R Cruickshank DPI: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.325 / SU R_free Blow DPI: 0.233 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.245

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2227	4318	4.96 %	RANDOM
R_work	0.2074	-	-	-
obs	0.2082	87020	98.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 115.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.6668 Å²	0 Å²	18.5137 Å²
2-	-	-8.1478 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.8146 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.5 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.85→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12640	0	183	36	12859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13135	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.07	17903	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4412	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		255	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1891	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13135	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.79
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.01
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1766	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14781	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.92 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	310	4.84 %
R_work	0.2642	6095	-
all	0.2661	6405	-
obs	-	-	97.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5897	-0.0885	1.3923	1.4534	-0.1597	3.3215	-0.0137	-0.1419	0.1442	-0.1279	0.0293	0.0812	-0.1925	-0.2821	-0.0156	0.2835	0.0422	-0.5347	-0.3747	0.0107	-0.3118	40.3591	-6.7947	29.8923
2	2.7311	0.1247	2.8951	1.1284	0.3167	4.6008	0.083	-0.0939	-0.0365	0.0321	-0.0801	0.2016	0.0963	-0.2261	-0.0029	0.1753	0.0174	-0.4833	-0.2544	-0.0098	-0.2671	28.4545	-27.9061	36.242
3	1.7501	0.1581	1.8679	1.5353	0.3576	3.7746	0.1253	0.0151	-0.2007	-0.1589	-0.0827	0.1835	0.2832	0.0227	-0.0425	0.2134	0.0605	-0.5621	-0.3789	-0.0337	-0.2513	42.1453	-47.5372	29.0474
4	1.3015	0.0031	1.1879	1.5528	0.4526	4.4326	-0.0062	0.1371	-0.0714	-0.3672	-0.0907	-0.0904	-0.1292	0.2566	0.0969	0.2628	0.0794	-0.5071	-0.3297	-0.0293	-0.2594	62.7962	-38.4663	17.811
5	1.2933	-0.335	1.3185	1.6142	-1.0078	4.6104	-0.0552	0.0296	0.157	-0.2677	-0.0314	-0.1359	-0.0647	0.0025	0.0867	0.3093	-0.0401	-0.5087	-0.3654	0.0154	-0.2798	61.6894	-13.3814	18.5548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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