PDB-6f0m: GLIC mutant E35Q

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f0m

タイトル

GLIC mutant E35Q

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Hu, H.D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2017
タイトル: Full mutational mapping of titratable residues helps to identify proton-sensors involved in the control of channel gating in the Gloeobacter violaceus pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Nemecz, A. / Hu, H. / Fourati, Z. / Van Renterghem, C. / Delarue, M. / Corringer, P.J.

履歴

登録	2017年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f0m.cif.gz	663.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f0m.ent.gz	557.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f0m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f0iC 6f0jC 6f0nC 6f0rC 6f0uC 6f0vC 6f0zC 6f10C 6f11C 6f12C 6f13C 6f15C 6f16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hy5-d 6f0z-d 6hja-d 6f12-d 6f10-d 6hyw-d 6f0u-d 4ila-d 4ilb-d 4qh1-d 4npp-d 3uub-1 5v6o-d 3p50-d 4il4-d 6f0n-d 6hzw-d 6f0j-d 6hjz-2 6hjb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

192 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.250, 133.450, 160.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36276.738 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア) 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#6: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 170分子

#2: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 12% PEG4K, 15% glycerol, 100 mM Acetate de Sodium pH4, 400 mM Sodium isothiocyanate, 3% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→49.55 Å / Num. obs: 102999 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 72.59 Å² / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.65→2.75 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.65→21.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9167 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9183 / SU R Cruickshank DPI: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.275 / SU R_free Blow DPI: 0.205 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.214

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2218	5100	4.96 %	RANDOM
R_work	0.2135	-	-	-
obs	0.214	102825	94.62 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.7739 Å²	0 Å²	15.7091 Å²
2-	-	-7.4319 Å²	0 Å²
3-	-	-	13.2058 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.435 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.65→21.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12680	0	415	137	13232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	13401	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.02	18220	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4619	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		265	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1910	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13401	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.83
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.8
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1775	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14813	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2648	385	5.07 %
R_work	0.2571	7212	-
all	0.2575	7597	-
obs	-	-	94.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8436	-0.184	0.7358	0.6045	-0.3205	1.9628	0.0075	-0.0839	0.1307	0.009	0.0614	0.0455	-0.1355	-0.1411	-0.0689	0.1421	0.0307	-0.2705	-0.2018	0.0183	-0.0809	40.602	-6.6213	30.4889
2	2.0956	0.0277	2.2992	0.7738	0.0585	3.5264	0.059	-0.0717	-0.0751	0.0857	-0.0338	0.1955	0.0269	-0.1524	-0.0252	-0.0606	0.0182	-0.1623	-0.1061	0.0028	-0.0886	28.3765	-27.8678	36.4559
3	1.1213	0.2879	1.3326	0.6602	0.4886	2.7855	0.0491	-0.0094	-0.1723	0.0064	-0.0929	0.1017	0.1506	-0.0155	0.0438	0.1101	0.0839	-0.3007	-0.1997	-0.0533	-0.0156	42.5246	-47.5519	29.436
4	1.066	0.1331	1.0674	0.4698	0.626	3.5211	0.0053	0.0584	-0.1053	-0.1322	-0.0013	-0.1073	-0.0798	0.1728	-0.004	0.1427	0.0542	-0.2751	-0.1994	-0.033	-0.0254	63.5157	-38.437	18.544
5	0.7288	-0.1924	0.7428	0.7067	-0.6258	2.5839	0.0165	0.01	0.1404	-0.132	-0.0499	-0.1552	-0.0102	0.1439	0.0334	0.1718	-0.0331	-0.2489	-0.2005	0.0177	-0.0101	62.244	-13.0846	19.2804

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

-
非ポリマー , 5種, 170分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

-非ポリマー , 5種, 170分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

-
非ポリマー , 5種, 170分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)