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万見
- PDB-6f0c: Cytochrome P450 TxtC employs substrate conformational switching f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f0c
タイトルCytochrome P450 TxtC employs substrate conformational switching for sequential aliphatic and aromatic thaxtomin hydroxylation
要素Cytochrome P450 monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / TxtC / Thaxtomin hydroxylation
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C8B / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces acidiscabies 84-104 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fulop, V.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/H006281/1 英国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Binding of Distinct Substrate Conformations Enables Hydroxylation of Remote Sites in Thaxtomin D by Cytochrome P450 TxtC.
著者: Alkhalaf, L.M. / Barry, S.M. / Rea, D. / Gallo, A. / Griffiths, D. / Lewandowski, J.R. / Fulop, V. / Challis, G.L.
履歴
登録2017年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5424
ポリマ－43,4711
非ポリマー1,0713
水8,035446
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.400, 84.500, 84.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-763-

HOH

21A-815-

HOH

31A-893-

HOH

41A-929-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 monooxygenase / Cytochrome P450-SU2


分子量: 43471.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces acidiscabies 84-104 (バクテリア)
遺伝子: txtC, a10_01524 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q8VS75
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-C8B / (3~{R},6~{S})-1,4-dimethyl-6-[(4-nitro-1~{H}-indol-3-yl)methyl]-3-oxidanyl-3-(phenylmethyl)piperazine-2,5-dione


分子量: 422.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N4O5
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG 8000, 20% Ethylene Glycol, 0.03 M divalent cations, 0.1 M MOPS/HEPES
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月4日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43 Å / Num. obs: 65551 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.89 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 2.29 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4583 / CC1/2: 0.8 / Rrim(I) all: 0.56 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z36

2z36


解像度: 1.7→42.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 3.195 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.076 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.076 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18708 2701 4.1 %RANDOM
Rwork0.16158 ---
obs0.16261 62850 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.369 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å20.88 Å2
2---1.47 Å2-0 Å2
3---0.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→42.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2974 0 76 446 3496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193131
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022977
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7242.0144288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87536838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6385382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.96222.941136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.24915484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7291529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02703
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 208 -
Rwork0.274 4583 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.66910.42861.28592.6841.72762.99490.0859-0.2028-0.04790.3744-0.12490.02130.2759-0.3010.03910.4363-0.00650.04460.32870.02840.0645-1.39838.75652.67
20.55140.40130.13171.29050.43021.0024-0.0583-0.01520.0093-0.09350.0867-0.1052-0.09440.1544-0.02840.25330.04120.01750.22030.01630.05229.18345.56735.235
30.65570.54380.26421.13940.37930.6885-0.0588-0.0264-0.0171-0.12220.0223-0.0244-0.0285-0.02180.03640.28390.04010.01710.22970.01630.06263.48740.2332.19
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2A32 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3A134 - 395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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