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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f04 | ||||||
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タイトル | N-acetylglucosamine-2-epimerase | ||||||
要素 | N-acetylglucosamine-2-epimerase | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / N-acetylglucosamine-2-epimerase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nostoc sp. KVJ10 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.699 Å | ||||||
データ登録者 | Halsoer, M.J. / Rothweiler, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: The crystal structure of the N-acetylglucosamine 2-epimerase from Nostoc sp. KVJ10 reveals the true dimer. 著者: Halsor, M.J.H. / Rothweiler, U. / Altermark, B. / Raeder, I.L.U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f04.cif.gz | 100.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f04.ent.gz | 76.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f04.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f04 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1fp3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46966.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. KVJ10 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A452CSU8*PLUS | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium acetate 0,1 pH 5.0 PEG 3350 10% Dextran 3% |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.699→50 Å / Num. obs: 59456 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 15.58 |
反射 シェル | 解像度: 1.699→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 1.498 / CC1/2: 0.643 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FP3 解像度: 1.699→48.884 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.99
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.699→48.884 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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