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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f04 | ||||||
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タイトル | N-acetylglucosamine-2-epimerase | ||||||
![]() | N-acetylglucosamine-2-epimerase | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / N-acetylglucosamine-2-epimerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Halsoer, M.J. / Rothweiler, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the N-acetylglucosamine 2-epimerase from Nostoc sp. KVJ10 reveals the true dimer. 著者: Halsor, M.J.H. / Rothweiler, U. / Altermark, B. / Raeder, I.L.U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1fp3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46966.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium acetate 0,1 pH 5.0 PEG 3350 10% Dextran 3% |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.699→50 Å / Num. obs: 59456 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 15.58 |
反射 シェル | 解像度: 1.699→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 1.498 / CC1/2: 0.643 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1FP3 解像度: 1.699→48.884 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.99
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.699→48.884 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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