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- PDB-6ey0: N-terminal part (residues 30-212) of PorM with the llama nanobody nb01 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ey0
タイトルN-terminal part (residues 30-212) of PorM with the llama nanobody nb01
要素
  • (llama nanobody nb01) x 2
  • T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type IV Secretion System (T9SS) / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / GldM second domain / GldM third domain / Gliding motility-associated protein GldM / Gliding motility-associated protein GldM, C-terminal / Gliding motility-associated protein GldM, N-terminal / GldM C-terminal domain / GldM N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Por secretion system protein porM/gldM
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Leone, P. / Roche, J. / Cambillau, C. / Roussel, A.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-CE11-0019-01 フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology フランス
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Type IX secretion system PorM and gliding machinery GldM form arches spanning the periplasmic space.
著者: Leone, P. / Roche, J. / Vincent, M.S. / Tran, Q.H. / Desmyter, A. / Cascales, E. / Kellenberger, C. / Cambillau, C. / Roussel, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Camelid nanobodies used as crystallization chaperones for different constructs of PorM, a component of the type IX secretion system from Porphyromonas gingivalis.
著者: Duhoo, Y. / Roche, J. / Trinh, T.T.N. / Desmyter, A. / Gaubert, A. / Kellenberger, C. / Cambillau, C. / Roussel, A. / Leone, P.
履歴
登録2017年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年3月7日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity_src_gen / struct
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _struct.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM
B: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM
C: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM
D: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM
E: llama nanobody nb01
F: llama nanobody nb01
G: llama nanobody nb01
H: llama nanobody nb01


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,1328
ポリマ－148,1328
非ポリマー00
水2,846158
1
A: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM
E: llama nanobody nb01


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9752
ポリマ－36,9752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM
F: llama nanobody nb01


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2062
ポリマ－37,2062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM
G: llama nanobody nb01


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9752
ポリマ－36,9752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM
H: llama nanobody nb01


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9752
ポリマ－36,9752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.283, 99.924, 80.291
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM


分子量: 21979.869 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residue Glu145 is mutated to Asp
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: porM, PGIN_15-9_01458 / プラスミド: pET28a derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: A0A1R4DSC1, UniProt: B2RLE8*PLUS
#2: 抗体 llama nanobody nb01


分子量: 14995.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#3: 抗体 llama nanobody nb01


分子量: 15225.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M bis-tris pH 7.0, 25%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→42.47 Å / Num. obs: 49059 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 67.23 Å2 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 7020 / CC1/2: 0.755 / Rpim(I) all: 0.774 / Rrim(I) all: 2.033 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5lz0

5lz0


解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU R Cruickshank DPI: 0.406 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.38 / SU Rfree Blow DPI: 0.236 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.244
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2456 5.03 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.214 48833 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 120.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.5867 Å20 Å2-33.8604 Å2
2--1.0987 Å20 Å2
3---7.4881 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8571 0 0 158 8729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0098710HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1211748HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3123SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes217HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1259HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8710HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.31
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1122SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9854SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 198 5.52 %
Rwork0.216 3391 -
all0.219 3589 -
obs--97.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3372.8929-3.26954.8987-2.68286.7307-0.4205-0.4803-0.42910.2706-0.0679-0.64550.19930.64310.4885-0.24580.0813-0.0671-0.2454-0.018-0.2878-31.7021-28.391223.1813
24.35240.7201-0.77645.44063.27547.3699-0.3198-0.4906-0.04590.9994-0.38280.371.26480.0190.7025-0.14140.15590.3238-0.33820.1202-0.3128-47.0016-2.784342.7583
34.3369-1.7281-1.03855.0895-1.7164.2164-0.05070.46320.1341-0.9193-0.0265-0.27660.5265-0.18050.0773-0.0304-0.19340.3376-0.4115-0.1059-0.1909-0.05982.042338.1523
45.22621.3013-4.03714.4945-2.18117.6341-0.2919-0.5301-0.26620.6497-0.0976-0.37870.2280.70320.3895-0.09150.0759-0.012-0.39630.0311-0.19518.776924.205723.1513
58.5364-3.76434.86343.12490.08165.1959-0.10461.59680.673-1.2142-0.18320.5410.1857-1.24980.2879-0.2404-0.337-0.35930.3420.1339-0.5158-44.3813-20.4158-1.0451
69.0540.5603-7.21011.69670.194410.12310.26030.94450.5467-0.010.22570.108-0.6377-0.5814-0.486-0.23440.14950.1153-0.18120.1693-0.322-34.66691.652516.2081
75.67270.398-5.45962.3879-0.623410.58070.0666-0.27660.24890.04290.3275-0.0612-0.4089-0.1948-0.3941-0.1722-0.01850.1345-0.2033-0.0879-0.2026-13.21073.973564.5983
84.5388-0.98441.76952.94530.82126.7715-0.19990.90930.4411-1.1807-0.57480.9336-0.9183-1.63290.7747-0.10390.1916-0.38740.0058-0.1631-0.3049-4.041931.9604-0.9691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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