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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ey0 | |||||||||
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タイトル | N-terminal part (residues 30-212) of PorM with the llama nanobody nb01 | |||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Type IV Secretion System (T9SS) / nanobody | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (バクテリア) Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Leone, P. / Roche, J. / Cambillau, C. / Roussel, A. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Type IX secretion system PorM and gliding machinery GldM form arches spanning the periplasmic space. 著者: Leone, P. / Roche, J. / Vincent, M.S. / Tran, Q.H. / Desmyter, A. / Cascales, E. / Kellenberger, C. / Cambillau, C. / Roussel, A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017 タイトル: Camelid nanobodies used as crystallization chaperones for different constructs of PorM, a component of the type IX secretion system from Porphyromonas gingivalis. 著者: Duhoo, Y. / Roche, J. / Trinh, T.T.N. / Desmyter, A. / Gaubert, A. / Kellenberger, C. / Cambillau, C. / Roussel, A. / Leone, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ey0.cif.gz | 453.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ey0.ent.gz | 375.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ey0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ey0_validation.pdf.gz | 497.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ey0_full_validation.pdf.gz | 522.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ey0_validation.xml.gz | 41.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ey0_validation.cif.gz | 56.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6ey0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6ey0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21979.869 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residue Glu145 is mutated to Asp 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: porM, PGIN_15-9_01458 / プラスミド: pET28a derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: A0A1R4DSC1, UniProt: B2RLE8*PLUS #2: 抗体 | 分子量: 14995.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6 #3: 抗体 | | 分子量: 15225.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M bis-tris pH 7.0, 25%(w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→42.47 Å / Num. obs: 49059 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 67.23 Å2 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 7020 / CC1/2: 0.755 / Rpim(I) all: 0.774 / Rrim(I) all: 2.033 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5lz0 解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU R Cruickshank DPI: 0.406 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.38 / SU Rfree Blow DPI: 0.236 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.244
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原子変位パラメータ | Biso mean: 120.65 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.41 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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