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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ewm | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of heme free PORPHYROMONAS GINGIVALIS HEME-BINDING PROTEIN HMUY | |||||||||
要素 | Haemophore HmuY | |||||||||
キーワード | CELL INVASION / heme-binding protein | |||||||||
機能・相同性 | HmuY protein / HmuY protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / HmuY 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Bielecki, M. / Olczak, T. / Olczak, M. | |||||||||
資金援助 | ポーランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Biosci. Rep. / 年: 2018 タイトル: Tannerella forsythiaTfo belongs toPorphyromonas gingivalisHmuY-like family of proteins but differs in heme-binding properties. 著者: Bielecki, M. / Antonyuk, S. / Strange, R.W. / Smalley, J.W. / Mackiewicz, P. / Smiga, M. / Stepien, P. / Olczak, M. / Olczak, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ewm.cif.gz | 195.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ewm.ent.gz | 154.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ewm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ewm_validation.pdf.gz | 459 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ewm_full_validation.pdf.gz | 459.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ewm_validation.xml.gz | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ewm_validation.cif.gz | 38.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21227.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: hmuY', hmuY, AT291_03715, PGIN_13-1_01941, PGIN_YH522_00859 プラスミド: pHmuY11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2I2W2 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-MES / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 2.4 M ammonium sulphate, 100 mM MES pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97624 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月23日 |
放射 | モノクロメーター: si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97624 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→90.9 Å / Num. obs: 86584 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.014 / Rpim(I) all: 0.01 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3231 / CC1/2: 0.68 / Rpim(I) all: 0.43 / % possible all: 74 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3h8t 解像度: 1.4→90.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.874 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.467 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.4→90.49 Å
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拘束条件 |
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