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- PDB-6eup: Crystal structure of Neisseria meningitidis NadA variant 3 double... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eup
タイトルCrystal structure of Neisseria meningitidis NadA variant 3 double mutant A33I-I38L
要素Adhesin A
キーワードCELL ADHESION / trimeric autotransporter adhesin / antigen / double mutant
機能・相同性Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / cell outer membrane / cell surface / PHOSPHATE ION / Adhesin A
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Dello Iacono, L. / Liguori, A. / Malito, E. / Bottomley, M.J.
引用ジャーナル: MBio / 年: 2018
タイトル: NadA3 Structures Reveal Undecad Coiled Coils and LOX1 Binding Regions Competed by Meningococcus B Vaccine-Elicited Human Antibodies.
著者: Liguori, A. / Dello Iacono, L. / Maruggi, G. / Benucci, B. / Merola, M. / Lo Surdo, P. / Lopez-Sagaseta, J. / Pizza, M. / Malito, E. / Bottomley, M.J.
履歴
登録2017年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adhesin A
B: Adhesin A
C: Adhesin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,86232
ポリマ－50,2693
非ポリマー2,59329
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18750 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area24270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.919, 39.750, 255.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Adhesin A / NadA autotransporter / Putative adhesin/invasin


分子量: 16756.418 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: nadA, nadA_1, ERS040961_00445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KH85

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非ポリマー , 6種, 82分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium phosphate citrate pH 3.9, 5% (w/v) PEG 1K, 33.6-45.9% (v/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→63.65 Å / Num. obs: 18251 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 35.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2415 / Rrim(I) all: 0.494 / % possible all: 84.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→63.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.499 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.486 / SU Rfree Blow DPI: 0.279 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.285
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 995 5.45 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 18248 88.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.6667 Å20 Å2-3.9169 Å2
2---9.5471 Å20 Å2
3---19.2138 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→63.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3294 0 166 53 3513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013446HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.144611HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1256SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes126HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes456HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3446HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.24
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion506SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3855SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.81 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 140 5.21 %
Rwork0.217 2549 -
all0.219 2689 -
obs--84.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15760.0669-1.4420.004-0.444912.57180.0348-0.17440.05110.09760.03270.02790.4957-0.0267-0.0675-0.0606-0.0651-0.01090.0724-0.006-0.09098.8481-1.214560.3887
20.1475-0.03320.94080.0746-0.627210.913-0.0024-0.1396-0.06180.15330.00860.013-0.18590.4803-0.0062-0.11240.0578-0.0420.07150.0049-0.08313.6814-2.09460.3863
30.03470.00580.37370.13251.276813.73120.033-0.17710.00050.1166-0.0213-0.0896-0.3861-0.4733-0.01180.00550.0056-0.0304-0.0401-0.0105-0.094112.02172.531160.405
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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