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- PDB-6et7: Activated heterodimer of the bacteriophytochrome regulated diguan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6et7
タイトルActivated heterodimer of the bacteriophytochrome regulated diguanylyl cyclase variant - S505V A526V - from Idiomarina species A28L
要素Diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / red light / phytochrome / GGDEF / asymmetry
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / detection of visible light / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. ...Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Idiomarina sp. A28L (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.852 Å
データ登録者Gourinchas, G. / Winkler, A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP27124 オーストリア
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Asymmetric activation mechanism of a homodimeric red light regulated photoreceptor.
著者: Gourinchas, G. / Heintz, U. / Winkler, A.
履歴
登録2017年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein
B: Diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,6436
ポリマ－156,4012
非ポリマー1,2424
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area61470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.460, 78.420, 443.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))
21(chain B and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))
12(chain A and resseq 11:120)
22(chain B and resseq 11:120)
13(chain A and resseq 530:682)
23(chain B and resseq 530:682)
14(chain A and (resseq 321:334 or resseq 395:408 or resseq 415:424 or resseq 490:527))
24(chain B and (resseq 321:334 or resseq 395:408 or resseq 415:424 or resseq 490:527))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRSERSER(chain A and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))AA124 - 189126 - 191
121LEULEUALAALA(chain A and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))AA191 - 206193 - 208
131TYRTYRTRPTRP(chain A and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))AA208 - 309210 - 311
211THRTHRSERSER(chain B and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))BB124 - 189126 - 191
221LEULEUALAALA(chain B and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))BB191 - 206193 - 208
231TYRTYRTRPTRP(chain B and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))BB208 - 309210 - 311
112SERSERTYRTYR(chain A and resseq 11:120)AA11 - 12013 - 122
212SERSERTYRTYR(chain B and resseq 11:120)BB11 - 12013 - 122
113ASPASPSERSER(chain A and resseq 530:682)AA530 - 682532 - 684
213ASPASPSERSER(chain B and resseq 530:682)BB530 - 682532 - 684
114VALVALALAALA(chain A and (resseq 321:334 or resseq 395:408 or resseq 415:424 or resseq 490:527))AA321 - 334323 - 336
124LEULEUGLYGLY(chain A and (resseq 321:334 or resseq 395:408 or resseq 415:424 or resseq 490:527))AA395 - 408397 - 410
134ARGARGLEULEU(chain A and (resseq 321:334 or resseq 395:408 or resseq 415:424 or resseq 490:527))AA415 - 424417 - 426
144TYRTYRSERSER(chain A and (resseq 321:334 or resseq 395:408 or resseq 415:424 or resseq 490:527))AA490 - 527492 - 529
214VALVALALAALA(chain B and (resseq 321:334 or resseq 395:408 or resseq 415:424 or resseq 490:527))BB321 - 334323 - 336
224LEULEUGLYGLY(chain B and (resseq 321:334 or resseq 395:408 or resseq 415:424 or resseq 490:527))BB395 - 408397 - 410
234ARGARGLEULEU(chain B and (resseq 321:334 or resseq 395:408 or resseq 415:424 or resseq 490:527))BB415 - 424417 - 426
244TYRTYRSERSER(chain B and (resseq 321:334 or resseq 395:408 or resseq 415:424 or resseq 490:527))BB490 - 527492 - 529

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

#1: タンパク質 Diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein


分子量: 78200.391 Da / 分子数: 2 / 変異: S505V, A526V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Idiomarina sp. A28L (バクテリア)
遺伝子: A28LD_0430 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F7RW09
#2: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M magnesium formate, 12 % (w/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0089 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月20日
放射モノクロメーター: Si-111 and Si-113 reflection / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0089 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→49.306 Å / Num. obs: 41744 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.239 % / Biso Wilson estimate: 61.62 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rrim(I) all: 0.221 / Χ2: 0.922 / Net I/σ(I): 9.28 / Num. measured all: 427424 / Scaling rejects: 76
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.85-2.9510.7661.4911.5543281402740200.5561.56499.8
2.95-310.711.1781.9519750184418440.6581.237100
3-3.210.6110.9042.6265290615461530.7740.95100
3.2-3.310.3720.6553.6627132261726160.8810.69100
3.3-3.59.9790.4555.1542411425142500.9290.48100
3.5-410.2830.2848.1875744737373660.970.29999.9
4-610.110.13415.2210833110716107150.9940.141100
6-109.7580.08220.0235891368336780.9980.08799.9
10-208.9780.05330.1384849469450.9990.05699.9
20-49.3067.070.05728.1911101681570.9970.06193.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation8.31 Å58.76 Å
Translation8.31 Å58.76 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LLW, 5LLX

5llw

5llx


解像度: 2.852→49.306 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2746 2089 5 %
Rwork0.2157 39650 -
obs0.2187 41739 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.45 Å2 / Biso mean: 83.7576 Å2 / Biso min: 6.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.852→49.306 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10428 0 88 6 10522
Biso mean--58.37 31.26 -
残基数----1291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14114546
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6926454
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1770X-RAY DIFFRACTION8.042TORSIONAL
12B1770X-RAY DIFFRACTION8.042TORSIONAL
21A1045X-RAY DIFFRACTION8.042TORSIONAL
22B1045X-RAY DIFFRACTION8.042TORSIONAL
31A1466X-RAY DIFFRACTION8.042TORSIONAL
32B1466X-RAY DIFFRACTION8.042TORSIONAL
41A682X-RAY DIFFRACTION8.042TORSIONAL
42B682X-RAY DIFFRACTION8.042TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.852-2.91840.37771400.321826612801
2.9184-2.99130.35351350.288725632698
2.9913-3.07220.32921350.252625792714
3.0722-3.16260.31251370.252125932730
3.1626-3.26470.34931370.252425922729
3.2647-3.38130.31551360.245525842720
3.3813-3.51670.29441380.236926342772
3.5167-3.67670.27511360.214225762712
3.6767-3.87040.28551400.214526492789
3.8704-4.11280.25571400.199526512791
4.1128-4.43020.25981390.183526272766
4.4302-4.87560.22581410.173326822823
4.8756-5.58030.24661390.19926592798
5.5803-7.02740.27461440.231527212865
7.0274-49.31350.25491520.204628793031
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.70990.8537-1.07483.3908-0.12611.9103-0.49790.4605-0.2467-0.5480.3645-0.6635-0.02380.57790.01740.55-0.06040.03310.2168-0.05720.669113.36337.2818447.0281
21.44730.59020.16913.77080.57433.2517-0.1005-0.23270.0843-0.04760.01560.0527-0.012-0.33220.02390.28590.0458-0.01180.15550.02470.576-0.70628.8426463.9478
32.45091.4107-0.11531.49561.02541.48260.502-1.2513-0.48260.8691-0.5199-0.06390.8414-0.3610.09420.9311-0.1165-0.07060.86430.17680.6977-3.38890.7801492.355
41.52261.18320.70542.2647-0.16142.70340.0453-0.45110.19240.60980.11960.0739-0.21270.0541-0.11140.9240.1563-0.03731.10280.01780.671115.91271.9298565.1358
52.8989-1.1441-0.59656.96810.67862.058-0.06520.02720.2747-0.3240.1352-0.0962-0.2726-0.1625-0.01770.50020.03140.03530.16920.05950.656711.051349.5395466.2302
62.1013-0.28880.22824.751-0.29151.85140.0178-0.12980.12590.3891-0.0424-0.97850.15780.20790.00530.39580.0246-0.10650.1981-0.01230.782824.063734.9389476.6088
71.2619-0.97440.80412.1817-3.11516.65290.0445-1.01840.01210.94250.1362-0.2336-0.35690.1963-0.12810.97790.0338-0.18960.8863-0.04450.787525.556718.2089504.2772
81.13721.2718-1.19212.8729-1.47832.79610.0588-0.2027-0.2280.3034-0.0097-0.12010.4736-0.2366-0.12930.9830.1084-0.0451.35210.09280.696111.3154-22.3188560.6526
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 10 through 127 )B10 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 128 through 290 )B128 - 290
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 291 through 499 )B291 - 499
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 500 through 682 )B500 - 682
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 10 through 127 )A10 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 128 through 290 )A128 - 290
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 291 through 499 )A291 - 499
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 500 through 682 )A500 - 682

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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