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万見
- PDB-6erj: Self-complemented FimA subunit from Salmonella enterica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6erj
タイトルSelf-complemented FimA subunit from Salmonella enterica
要素(Type-1 fimbrial protein, a chain) x 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / FimA / subunit / pilus / pili / tyle-1 pilus / type-1 pili / salmonella / enterica / immunoglobulin-like / fold / self-complemented
機能・相同性Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / pilus / cell adhesion / ACETIC ACID / Type 1 fimbrial protein subunit FimA
機能・相同性情報
生物種Salmonella paratyphi A
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Zyla, D.S. / Prota, A. / Capitani, G. / Glockshuber, R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation156304 スイス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Alternative folding to a monomer or homopolymer is a common feature of the type 1 pilus subunit FimA from enteroinvasive bacteria.
著者: Zyla, D.S. / Prota, A.E. / Capitani, G. / Glockshuber, R.
履歴
登録2017年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Type-1 fimbrial protein, a chain
A: Type-1 fimbrial protein, a chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5625
ポリマ－33,3822
非ポリマー1803
水3,981221
1
B: Type-1 fimbrial protein, a chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8473
ポリマ－16,7261
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Type-1 fimbrial protein, a chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7152
ポリマ－16,6551
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.970, 104.430, 182.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-368-

HOH

21A-398-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 15 or (resid 17...
21(chain B and (resid 5 through 15 or (resid 17...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPHEPHE(chain A and (resid 5 through 15 or (resid 17...AB5 - 155 - 15
12GLYGLYALAALA(chain A and (resid 5 through 15 or (resid 17...AB17 - 2317 - 23
13ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 5 through 15 or (resid 17...AB2 - 1632 - 163
14ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 5 through 15 or (resid 17...AB2 - 1632 - 163
15ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 5 through 15 or (resid 17...AB2 - 1632 - 163
16ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 5 through 15 or (resid 17...AB2 - 1632 - 163
21PROPROPHEPHE(chain B and (resid 5 through 15 or (resid 17...BA5 - 156 - 16
22GLYGLYALAALA(chain B and (resid 5 through 15 or (resid 17...BA17 - 2318 - 24
23THRTHRGLUGLU(chain B and (resid 5 through 15 or (resid 17...BA4 - 1635 - 164
24THRTHRGLUGLU(chain B and (resid 5 through 15 or (resid 17...BA4 - 1635 - 164
25THRTHRGLUGLU(chain B and (resid 5 through 15 or (resid 17...BA4 - 1635 - 164
26THRTHRGLUGLU(chain B and (resid 5 through 15 or (resid 17...BA4 - 1635 - 164

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要素

#1: タンパク質 Type-1 fimbrial protein, a chain


分子量: 16726.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella paratyphi A (strain ATCC 9150 / SARB42) (サルモネラ菌)
株: ATCC 9150 / SARB42 / 遺伝子: fimA, SPA2182 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2WR29
#2: タンパク質 Type-1 fimbrial protein, a chain


分子量: 16655.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella paratyphi A (strain ATCC 9150 / SARB42) (サルモネラ菌)
株: ATCC 9150 / SARB42 / 遺伝子: fimA, SPA2182 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2WR29
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 % / 解説: very irregular, growing mostly to in 2 dimentions
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.255 M Ammonium Sulphate 29.5% PEG 4k 15% glycerol 18 mg/ml protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月18日
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→45.718 Å / Num. obs: 38168 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.163 % / Biso Wilson estimate: 27.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 1.105 / Net I/σ(I): 12.06
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.69-1.7310.9992.0741.322860.4392.16981.5
1.73-1.7813.4081.8161.6927220.531.88799.8
1.78-1.8313.7941.2932.4626520.711.34299.9
1.83-1.8914.1981.062.6525560.7661.09899.7
1.89-1.9513.6680.8943.7425210.7940.92899.8
1.95-2.0214.1550.5994.7424000.9060.62199.9
2.02-2.0913.7630.545.9223210.9150.56199.8
2.09-2.1814.7610.3537.6922910.9690.366100
2.18-2.2814.6760.3478.7121420.9660.36100
2.28-2.3916.6240.25411.9420960.9880.262100
2.39-2.5218.2960.21814.719840.990.224100
2.52-2.6718.6150.17916.5318650.9930.184100
2.67-2.8517.880.1618.217640.9950.165100
2.85-3.0817.7170.12421.5716700.9970.128100
3.08-3.3817.2080.09825.0115140.9970.101100
3.38-3.7715.6090.08727.2513930.9980.09100
3.77-4.3614.4150.07829.1512640.9980.081100
4.36-5.3416.1650.06737.5710460.9990.069100
5.34-7.5517.7250.05742.268480.9990.058100
7.55-45.71817.1760.04246.675120.9990.04499

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.67 Å45.72 Å
Translation3.67 Å45.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LP9

5lp9


解像度: 1.69→45.718 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1908 5 %
Rwork0.1766 --
obs0.1799 38168 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.3 Å2 / Biso mean: 42.684 Å2 / Biso min: 18.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.69→45.718 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2241 0 21 221 2483
Biso mean--63.55 48.49 -
残基数----321
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8593134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.8311351
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1584X-RAY DIFFRACTION7.404TORSIONAL
12B1584X-RAY DIFFRACTION7.404TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.69-1.73230.42241340.298625522686
1.7323-1.77910.35141340.276925512685
1.7791-1.83150.3481340.249625592693
1.8315-1.89060.34551330.223925182651
1.8906-1.95820.2921360.204225962732
1.9582-2.03660.25441340.161925442678
2.0366-2.12920.23511340.149725452679
2.1292-2.24150.22491360.134825802716
2.2415-2.38190.22621360.144325832719
2.3819-2.56580.22071360.144225782714
2.5658-2.8240.24441370.156526032740
2.824-3.23250.23221390.154526362775
3.2325-4.07230.19121380.153926322770
4.0723-45.73420.25141470.215227832930

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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